Как бы в ответ на письмо Эйзенштейна Сталину 4 сентября 1946 года ЦК ВКП(б) принял постановление. Формально оно было посвящено идеологическому разгрому второй серии кинофильма Леонида Лукова «Большая жизнь», но там же досталось и Эйзенштейну за искажение русской истории и образов ее деятелей: «Режиссер С. Эйзенштейн во второй серии фильма «Иван Грозный» обнаружил невежество в изображении исторических фактов, представив прогрессивное войско опричников Ивана Грозного в виде шайки дегенератов, наподобие американского ку-клукс-клана, а Ивана Грозного, человека с сильной волей и характером, – слабохарактерным и безвольным, чем-то вроде Гамлета». Эти строчки явно были продиктованы самим генералиссимусом. «Историческая тематика» отнюдь не отошла на второй план, но в ней требовалось расставить строго определенные политические акценты.
Ранее исполнитель роли царя Ивана Николай Черкасов жаловался, что во второй половине фильма его герой превратился в нерешительного, слабохарактерного и безвольного человека. Теперь в постановлении ЦК вождь согласился с актером. Черкасов не ожидал такого эффекта. Нависла реальная угроза, что съемки фильма прекратятся. Черкасов и Эйзенштейн оказались в одной лодке, которая вот-вот могла перевернуться. Режиссер и актер написали Сталину письмо с просьбой о встрече. И эта встреча состоялась в Кремле в ночь с 24 на 25 февраля 1947 года в присутствии сталинского заместителя в Совете Министров Молотова и главного идеолога Жданова.
В ходе беседы Иосиф Виссарионович упрекнул Эйзенштейна: «Царь у вас получился нерешительный, похожий на Гамлета. Все ему подсказывают, что надо делать, а не он сам принимает решения… Царь Иван был великий и мудрый правитель, и если его сравнить с Людовиком XI (который готовил абсолютизм для Людовика XIV?), то Иван Грозный по отношению к Людовику на десятом небе. Мудрость Ивана Грозного состояла в том, что он стоял на национальной точке зрения и иностранцев в свою страну не пускал…» Об иностранцах-опричниках вроде Штадена Сталин предпочел забыть.
Генсек продолжал поучать режиссера: «У вас неправильно показана опричнина. Опричнина – это королевское войско. В отличие от феодальной армии, которая могла в любой момент сворачивать свои знамена и уходить с войны, образовалась регулярная армия, прогрессивная армия. У вас опричники показаны, как ку-клукс-клан». Эйзенштейн возражал: «Они (куклуксклановцы) одеты в белые колпаки, а у нас – в черные». Но Молотов парировал: «Это принципиальной разницы не составляет».
Черкасов вспоминал, что Сталин осуждал Ивана Грозного только за недостаток решительности в искоренении «боярской крамолы»: «Одна из ошибок Ивана Грозного состояла в том, что он недорезал пять крупных феодальных семейств. Если бы он эти пять боярских семей уничтожил, то вообще не было бы Смутного времени. А Иван Грозный кого-нибудь казнил и потом долго каялся и молился. Бог ему в этом деле мешал… Нужно было быть еще решительнее». И под занавес беседы Иосиф Виссарионович упрекнул в мягкотелости Петра Великого, с сожалением бросив: «Петруха недорубил!» У Сталина с Богом никаких проблем не было, и в казнях он превзошел и Ивана Грозного, и Петра.
Сталин объяснил, как надо делать третью серию и переделывать вторую: «Нужно правильно и сильно показывать исторические фигуры». Жданов прошелся по некоторым частностям. Ему не понравилось, что Эйзенштейн «увлекается тенями» и наделил Грозного слишком длинной бородой. Режиссер послушно пообещал бороду укоротить. Андрей Александрович похвалил актеров: «Очень хорош Старицкий (актер Кадочников). Он очень хорошо ловит мух. Тоже: будущий царь, а ловит мух! Такие детали нужно давать. Они вскрывают сущность человека». Жданов знал – вождю понравилось, что противник Грозного князь Владимир Старицкий изображен совершенным придурком, тогда как его исторический прототип был талантливым полководцем и человеком с симпатичной внешностью. Здесь Эйзенштейн следовал сталинской формулировке: «Режиссер может отступить от истории: неправильно, если он просто будет списывать детали из исторического материала… Режиссер может варьировать в пределах стиля исторической эпохи». Зато Иосифу Виссарионовичу активно не понравился Михаил Жаров в роли Малюты Скуратова – слишком уж смахивал на злодея, тогда как, по мнению Сталина, жаровский персонаж «был крупным военачальником и героически погиб в войну с Ливонией». В заключение Сталин дал согласие на продолжение работы над третьей серией «Ивана Грозного» и посоветовал не торопиться с ее завершением.
Вторую серию Сталин отправил на полку, где фильм пролежал 11 лет. На следующий день после встречи Николай Черкасов был удостоен звания Народного артиста СССР. Эйзенштейн же пробовал доснять третью серию, но не успел. Через год после памятной беседы, 11 февраля 1948 года, великий режиссер скончался от инфаркта. Третья серия так и не была завершена, а большая часть отснятого материала пропала.