В целях компрометации одного из известных военачальников подсудимый Абакумов в декабре 1948 г. арестовал врача С.С. Юдина, обвиняя его в шпионаже. Юдина в течение 9 суток держали почти без сна, подвергали жестоким избиениям. Подсудимый Комаров во время следствия заявил ему: «Ваша беда, что вы ко мне попали. Я не человек, а зверь». Данная себе характеристика Комаровым со всей убедительностью подтверждена судебным следствием и показаниями свидетелей.
Абакумов скрывал от партии и правительства крупные провалы в работе органов государственной безопасности. Всеми обвиняемыми попиралась государственная законность. Абакумов более 7 лет содержал в тюрьме 38 генералов Советской Армии, не предъявляя им никаких обвинений.
В заключении Руденко потребовал приговорить Чернова и Бровермана к 25 годам тюремного заключения, а всем остальным: Абакумову, Леонову, Комарову и Лихачеву вынести смертный приговор.
Далее начались выступления защиты.
Отказавшись от государственного защитника, подсудимый Броверман изобличал Абакумова, Комарова, Леонова, Лихачева, превративших следственную часть МГБ СССР в застенок. Берия и Абакумов, говорил Броверман, осудили тысячи честных советских людей.
Абакумов отверг предъявленные ему обвинения и показания свидетелей, заявив, что обвинительные материалы против него сфабрикованы М.Д. Рюминым. Он подробно рассказал об избиениях его в тюрьме, содержании в кандалах и камерах-холодильниках. Заявлял, что не несет ответственности за создание дела работников авиационной промышленности, дел генералов, «Ленинградского» и других, так как все аресты по этим делам совершались по указаниям «высшей инстанции». На обязанности Абакумова лежали только исполнительские поручения.
По утверждению Абакумова, он ничего не знал о нарушениях следствия, не несет ответственность за работу Особого совещания. Отрицал свои преступные связи с Берия, Кобуловым и Меркуловым.
После выступления защитников суд заслушал последние слова подсудимых. Лихачев, Леонов и Комаров заявили, что они не враги, а невольные соучастники и исполнители вражеских дел Абакумова, просили суд учесть это при вынесении приговора. Абакумов, ссылаясь на «высшие инстанции», пытался уйти от ответственности совершенные преступления.
В 10 часов утра 19 декабря был объявлен приговор ВК ВС СССР. За совершенные преступления перед партией и советским народом суд приговорил: Абакумова, Леонова, Комарова и Лихачева к высшей мере наказания — расстрелу с конфискацией лично принадлежащего им имущества; Бровермана к 25 годам и Чернова к 15 годам лишения свободы с последующим поражением в правах на 5 лет каждого и с конфискацией лично принадлежащего им имущества [9, л. 149–159].
21 декабря 1954 г. Е.Л. Зейдин и Р.А. Руденко направили в ЦК КПСС на согласование проект сообщения ТАСС об итогах судебного процесса по делу В.С. Абакумова и других. Однако он не был утвержден. После доработки, 22 декабря 1954 г. Политбюро ЦК КПСС приняло решение опубликовать 24 декабря сообщение о прошедшем процессе. В нем был кратко отражен приговор по делу [9, л. 168–170].
24 декабря 1954 г. была подготовлена докладная записка сотрудников Административного отдела в ЦК КПСС, высказавших свои замечания и предложения по прошедшему судебному процессу. По их мнению, судебный процесс наглядно показал, что В.С. Абакумов и его сообщники пробрались в органы государственной безопасности при помощи врага народа Л.П. Берия и выполняли его преступные замыслы. В Следственной части МГБ СССР сидели малограмотные люди, они не знали статей Уголовного и Уголовно-процессуального кодекса, но умели хорошо орудовать кулаками дубинкой. Вместе с тем, ряд лиц, являвшихся пособниками в совершении преступлений, не были привлечены к ответственности. Административный отдел считал целесообразным поручить И.А. Серову и Р.А. Руденко провести расследование и рассмотреть вопрос об их ответственности.
По мнению сотрудников Административного отдела, суд показал, что в грубейших извращениях социалистической законности был серьезно повинен бывший генеральный прокурор СССР Г.Н. Сафонов, военные прокуроры Н.П. Афанасьев и А.П. Вавилов, которые не осуществляли прокурорского надзора в МГБ СССР и своевременно не информировали ЦК партии и правительство о грубых нарушениях законности. За попустительство в нарушении законности, предлагалось привлечь их к партийной ответственности.
Выдвигалось предложение, укрепить следственное управление центрального аппарата и отделы на периферии органов государственной безопасности партийными, юридически подготовленными работниками [9, л. 171–173].
Исходя из изложенного, можно констатировать, что предъявленные В.С. Абакумову обвинения постоянно видоизменялись. После его ареста, он обвинялся в нарушении социалистической законности при ведении следствия по ряду дел, ведущихся в Следственной части по особо важным делам МГБ СССР.