В исследуемый период были проведены результативные контрразведывательные операции по нейтрализации и пресечению подрывных замыслов японских спецслужб и белоэмигрантских центров. Органы госбезопасности сумели сыграть свою роль и обеспечить условия для наращивания военного потенциала.
Тем не менее наша контрразведка не всегда работала эффективно. Созданные японскими спецслужбами массовые агентурные позиции во время оккупации Дальнего Востока, а также агентура белоэмигрантских организаций, да и просто недовольных советской властью граждан, способствовали тому, что японская разведка довольно эффективно действовала против органов государственной безопасности СССР. Слабо была обеспечена экономическая безопасность Дальнего Востока. Процветало браконьерство японцев в советских территориальных водах. Велась разведывательно-подрывная деятельность на японских концессиях.
В это время японцы стали уделять большое внимание своим спецслужбам. Стремясь активизировать информационно-разведывательную деятельность, в августе 1940 г. была проведена реорганизация разведывательных органов и сделан акцент на совершенствование и развитие структур подразделений, проводивших подрывную работу против Советского Союза. Был увеличен кадровый состав японских военных миссий в Маньчжурии, Северной Корее и на Южном Сахалине.
Органы госбезопасности СССР прилагали большие усилия по получению разведывательной информации о проведенной ими реорганизации. Однако достаточно полных данных по этому вопросу не было получено вплоть до окончания Второй мировой войны. Структура японских разведывательных органов была уточнена только после окончания боевых действий на Дальнем Востоке в результате изучения трофейных документов и материалов допросов сотрудников и агентов японских спецслужб.
С началом Великой Отечественной войны японцы в надежде на успех гитлеровской доктрины «блицкрига» против Советского Союза максимально активизировали подрывную деятельность в отношении СССР. Основное внимание уделялось проведению разведывательно-подрывных акций, формированию новых диверсионно-разведывательных подразделений и групп, активизации сбора военной, экономической и политической информации. Япония была в преддверии начала войны, политическое руководство ждало падения Москвы, чтобы начать военные действия против нашей страны.
В это время система специальных служб Японии состояла из органов высшего руководства и координации, к которым относились созданные в 1937 г. Специальное исследовательское бюро при кабинете министров Японии и его военный филиал при императорской военной ставке – Главное разведывательное управление. Органом, объединявшим военную, политическую и экономическую разведки, стало 2-е управление ГШ японской императорской армии и 3-й отдел морского Генерального штаба.
В разведывательные органы ведомственного подчинения входили органы военной разведки и контрразведки, разведка министерства иностранных дел, министерства внутренних дел, министерств торговли и промышленности, железных дорог, колонизации и финансов. Кроме того, разведывательными органами использовались государственные и негосударственные учреждения и организации.
Организацией подрывной деятельности против Советского Союза непосредственно занимался 5-й (русский) отдел 2-го управления Генерального штаба японской армии, в состав которого входило шесть отделений. А также 7-й (русский) сектор 3-го отдела Морского Генерального штаба.
2-й отдел штаба Квантунской группировки войск осуществлял общее руководство деятельностью японских разведывательных органов в Маньчжурии, занимавшихся подрывной работой против Советского Союза. Руководил работой разведывательных подразделений (секторов) войсковых дивизий и отдельных воинских частей, подчиненных КГВ. Непосредственный контроль его деятельности осуществлял начальник штаба КГВ, информируя о состоянии оперативной работы русский отдел 2-го управления ГШ японской императорской армии.
ИРУ КГВ, созданное на базе главной ЯВМ в г. Харбине, в августе 1940 г. стало основным разведывательным органом Японии на континенте, который занимался организацией и проведением агентурной разведки против СССР. Ему подчинялись 12 периферийных ЯВМ, находившихся в различных городах Маньчжурии, на которые замыкались более 20 миссий и их отделений на местах. Организация периферийных ЯВМ, замыкавшихся непосредственно на ИРУ, в основном повторяла структурные звенья центрального органа.
В связи с победами Красной армии над фашистской Германией японская разведка внесла существенные коррективы в свою подрывную работу против Советского Союза. Предвидя затяжной характер войны, японские спецслужбы максимально ограничили проведение акций по непосредственному подрыву политического и военного потенциала СССР. Они продолжали решать задачи по сбору сведений о советских войсках, но активнее стали использовать легальные возможности в сборе сведений политико-экономического характера.