Специальный рецензент, журналист Л. Субоцкий, подверг в июне 1945 г. отредактированные к тому времени тексты жесткой критике, так как в них верно описывалась «роль местных антисоветских элементов в истреблении еврейского населения». К тому же «органы», занимавшие позиции великорусского шовинизма, критиковали изображение роли сотрудников юденратов10
. 9 июля 1945 г. редколлегия одобрила эти замечания и приняла решение заново отредактировать текст и дополнить документами и фотографиями Чрезвычайной государственной комиссии по расследованию преступлений немецко-фашистских захватчиков. Материал, сгруппированный по союзным республикам, должен был быть опубликован в одном томе с введениями политического и юридического характера. Последнее написал, как и планировалось, Трайнин, первое — Гроссман, после того как Лозовский не взял на себя это поручение. «Эйникайт» неоднократно публиковала материалы и сообщения из рукописи «Черной книги».Необходимо было спешить, так как «Черную книгу» предполагалось использовать в качестве обвинительного материала на Нюрнбергском процессе военных преступников. Рукопись, дополненная в соответствии с новыми директивами, была проверена цензурой и послана еврейским организациям, дружественным Советскому Союзу, в Болгарию, Англию, Францию, Италию, Мексику, Австрию, Польшу, Румынию, Чехословакию, Венгрию, Палестину и США. Поэтому издание, подготовленное в 1980 г. в Израиле на основе разосланных текстов, не соответствует тому варианту, который редакционная коллегия во главе с Василием Гроссманом в апреле 1946 г. передала издательству «Эмес». Поскольку осенью 1946 г., когда давно уже были готовы некоторые гранки, работа прекратилась, Михоэлс, Фефер, Гроссман и Эренбург обратились в ноябре 1946 г. к секретарю ЦК А. А. Жданову. Отдел агитации и пропаганды ЦК во главе с Г. Ф. Александровым сразу же распорядился о новой проверке книги.
В конце 1946 г. Жданов, тогда главный идеолог партии, развернул истерическую кампанию против тех тенденций в искусстве и литературе, которые подрывали догмы русско-шовинистического советского патриотизма. Нападки на еврейский национализм публиковались и в «Эйникайт». ЕАК был поставлен в непосредственное подчинение ЦК, и шансы на издание книги убывали. В феврале 1947 г. Александров обвинил ЕАК в рассылке рукописи за границу без одобрения ЦК. Его главная претензия заключалась в том, что «Черная книга» создает совершенно ложное впечатление о немецком фашизме: «Красной нитью по всей книге проводится мысль, что немцы грабили и уничтожали только евреев. У читателя невольно создается впечатление, что немцы воевали против СССР только с целью уничтожения евреев. По отношению же к русским, украинцам, белорусам, литовцам, латышам и другим национальностям Советского Союза немцы якобы относились снисходительно. Во многих рассказах подчеркивается, что для того, чтобы спастись, достаточно было приобрести “русский паспорт”, не походить на еврея и т. п.»11
Несмотря на заключение Александрова о нецелесообразности публикации книги в Советском Союзе, издательству «Эмес» было в июне 1947 г. поручено набрать ее и напечатать тиражом 50 тыс. экземпляров. В конце августа 1947 г., когда три четверти было уже набрано, главное цензурное ведомство Главлит снова остановило работу. Михоэлс просил Жданова отменить это распоряжение. С его письмом работали преемник Александрова М. А. Суслов и Д. Т. Шепилов, которые подготовили последний акт: 7 октября 1947 г. зав. отделом издательств Управления пропаганды и агитации ЦК М. А. Морозов сообщил ЕАК, что книга содержит серьезные политические ошибки и ни в коем случае не может быть издана. В конечном счете «Черную книгу» запретил сам Сталин на том основании, что евреи были не единственными, кто страдал при немецкой оккупации, и что поэтому было бы ошибочно подчеркивать именно их судьбу.
Тем временем в США проект «Черной книги» принял неожиданные, почти гигантские масштабы. 27 декабря 1944 г. в Нью-Йорке состоялась международная конференция по «Черной книге» с участием представителей из Марокко, Туниса, Уругвая, Кубы, Аргентины, Австралии, Англии, а также многочисленных писателей и представителей американских еврейских организаций, в частности АКЕПАУ и ВЕК. Председатель Еврейского совета помощи России Левин объявил, что его организация в 1944 г. перевела в Советский Союз 2 млн долларов. Представители комитетов по изданию «Черной книги» из американских городов сообщали также, что их сборы составили тысячи долларов.