Крупное строительство ГУЛАГ вел и на Балтике. Согласно постановлению СНК от 29 сентября 1937 г., в Лужской губе началось создание крупной военно-морской базы. Новая база создавалась для базирования легких сил Балтийского флота, усиливаемого по программе военного кораблестроения 1936 г., и должна была разгрузить Кронштадт, где планировалось базировать тяжелые корабли. Дислокация базы недалеко от границ СССР с Эстонией (около 25 км), помимо недостатков, связанных с необходимостью обеспечения надежной обороны, имела и существенные преимущества. Из Лужской губы надводные корабли и подводные лодки могли выходить к устью Финского залива, минуя цепь финских наблюдательных постов на островах в центральной и восточной его части. А район Хельсинки оказывался под угрозой непосредственного удара с моря. Создание такой базы резко усиливало военную мощь СССР в центральной части Финского залива и усложняло задачу любого противника по блокированию Балтийского флота в его базе.
Строившийся объект, получивший литерное наименование «Строительство № 200», представлял сложный комплекс разнообразных сооружений. В законченном виде база должна была состоять из двух гаваней: для надводных кораблей и подводных лодок. Длина оградительных молов и причального фронта составляла 7 км. Новая база должна была обеспечить все условия для базирования сил флота: на ее территории строились склады боеприпасов и топлива объемом свыше 900 тыс. кубометров, казармы, судоремонтный завод и сухие доки. Для подвоза материально-технического снабжения по территории комплекса должна была быть проложена сеть автомобильных и железных дорог общей протяженностью в 190 км. Общая стоимость объекта определялась примерно в 600 млн руб. Отдел морского строительства ГУЛАГа разработал стройфинплан объекта и утвердил его 4 июня 1939 г. К этому моменту укомплектованность стройплощадки механизмами составляла около 40 %, но автомашинами строительство было укомплектовано полностью. Всего на стройплощадке работало 11 экскаваторов, 12 паровозов, 2 гусеничных крана. В начале 1940 г. планировалось передать дополнительно 10 импортных экскаваторов, 6 паровозов и т. д. Численность осужденных, занятых на строительстве, составила 5900 чел. при плане в 8000. К июню 1940 г. был утвержден технический проект базы и выполнены подготовительные работы на сумму 200 млн руб.
Но политическая обстановка изменилась. После присоединения к СССР Прибалтики база стала не нужна, и фронт строительных работ был резко сокращен. Большая часть заключенных и вся тяжелая техника были переброшены на строительство комбината «Североникель» и железных дорог на Кольском полуострове. Выполненные подготовительные работы позволили оборудовать в Лужской губе пункт базирования подводных лодок и катеров Балтийского флота, использовавшийся летом 1941 г.
Но самым крупным объектом судостроительной промышленности, сооружавшимся силами ГУЛАГа, было «Строительство № 203». Программа создания в СССР «большого флота» предусматривала сооружение в Архангельской области, в районе Никольского устья Северной Двины, мощного судостроительного завода, способного осуществлять строительство кораблей любого водоизмещения. Предполагалось, что ввод в строй этого предприятия позволит к 1943 г. иметь в составе Северного флота до 2 линкоров. Первоначально строительство велось силами Наркоматов тяжелой и оборонной промышленности, но в июле 1938 г. стройка передана хозяйственным подразделениям НКВД, так как из-за абсолютного беспорядка в деле организации и технического обеспечения работ, все сроки ввода завода в строй были безнадежно сорваны. Вновь дала о себе знать крайняя скудость местных ресурсов, и прежде всего, людских. По состоянию на 17.01.1939 трудоспособное население обоего пола в Архангельской области насчитывало 782,4 тыс. человек (в городах 295, 9 тыс., в сельской местности 486,5 тыс.). Из этого числа мужчины составляли не свыше 55 %, что дает примерно 430 тыс. чел. За вычетом учащихся (13 тыс. чел.) и занятых в сельском хозяйстве (170 тыс. чел.) остается около 250 тысяч мужчин, занятых неземледельческим трудом. Отсюда следует еще вычесть служащих, ИТР, а также рабочих лесной и судостроительной промышленности. В итоге область не могла бы укомплектовать стройку полной сменой персонала. Лишь титаническими усилиями заключенных строительство удалось сдвинуть с мертвой точки.