Неудачные боевые действия Красной Армии внесли существенные коррективы в производственные планы НКВД. Прежде всего, встала задача передачи значительных контингентов осужденных за малозначительные преступления в РККА. По ходатайству НКВД Президиум Верховного совета СССР дважды, 12 июля и 24 ноября 1941 г., принимал указы об амнистии и освобождении таких людей, которые сразу же, организованными командами, направлялись из мест заключения в военкоматы. По двум этим указам было передано для укомплектования РККА 420 тыс. граждан СССР. Всего же за годы войны в ряды вооруженных сил влилось 975 тыс. бывших заключенных, освобожденных после 22 июня 1941 г., т. е. личный состав для 70 полнокровных дивизий. Много хлопот доставила эвакуация лагерей и колоний из зоны боевых действий. Всего за два первых военных года подверглись эвакуации 27 исправительно-трудовых лагерей и 210 колоний (почти половина их предвоенной численности), общей емкостью свыше 750 тыс. заключенных. Эвакуация осложнялась отсутствием транспорта, из-за чего некоторые места лишения свободы пришлось выводить пешим порядком на расстояние до 1000 км, а также из-за того, что командованием отходящих частей РККА заключенные привлекались к сооружению оборонительных рубежей, где подвергались нападениям авиации, а иногда и сухопутных войск противника.
Тем не менее, с июля по октябрь 1941 г. удалось вывести в тыл 325 тыс. заключенных, которые были немедленно направлены на ударные сверхлимитные строительства. Севпечлаг (строительство Северо-Печорской железнодорожной магистрали) получил 40 тыс. чел., Безымянлаг (строительство Куйбышевских авиазаводов) – 30 тыс. чел., Норильлаг – 10 тыс. чел.
Эвакуация, перевод предприятий-контрагентов на военные рельсы и связанный с этим разрыв хозяйственных связей таили в себе угрозу срыва снабжения лагерей и колоний продовольствием и предметами вещевого снабжения, а производства – сырьем и комплектующими. Так, об аннулировании заявок ГУЛАГа на проволоку и гвозди на 3-й квартал 1941 г. в главке стало известно, да и то случайно, 27 сентября, т. е. накануне начала 4-го квартала. Из 197 тыс. тонн фуража удалось получить менее 20 тыс. тонн, что срывало работу всех объектов с низким уровнем механизации. Отчаянные телеграммы с требованием выделения дополнительных фондов и с просьбами разрешить самостоятельную заготовку не давали нужного эффекта, так что в зиму 1941 г. ГУЛАГ и все производственные главки вступили с явно недостаточными запасами продовольствия. Следующий, 1942 г. оказался самым тяжелым из-за второй волны эвакуации и новых перебоев со снабжением. Состояние трудовых ресурсов ведомства резко ухудшилось, количество людей, ограниченно годных к труду, выросло в 1941–42 гг. вдвое. Следует учитывать, что, если в начале 1941 г. 93 % спецконтингента составляли мужчины, то уже к 1942 году их доля снизилась до 74 %.
Тем не менее, хозяйственные подразделения НКВД сумели выполнить поставленные перед ними задачи.
Следует более подробно остановиться на производстве военной продукции и капитальном строительстве НКВД в 1939–1945 гг.
Непосредственно изготовление оборонной продукции для производственных главков НКВД являлось вспомогательной задачей. Этим занимались прежде всего исправительно-трудовые колонии и некоторые отделения ИТЛ, т. е. предприятия, имевшие некоторый парк станочного оборудования.