Отходившей (бежавшей) Приморской армии не удалось прорваться через Бахчисарай, и она была вынуждена отходить через горы по маршруту Гавро – Коккозы, через Ай-Петри на Ялту и дальше на Севастополь.
Одна из дивизий Приморской армии – 184-я стрелковая дивизия НКВД (командир – полковник В. Л. Абрамов, военком – батальонный комиссар И. И. Кальченко) – также пробивалась к Севастополю через горы. В голове колонны двигался штаб дивизии в порядках 262-го стрелкового полка НКВД (командир – майор госбезопасности А. Г. Рубцов). Остатки 184-й стрелковой дивизии 17 ноября пришли в Севастополь; на базе их и батальона школы НКВД был сформирован полк НКВД под командованием майора госбезопасности Рубцова. В Севастополь устремились и бежавшие части 51-й армии, терявшей личный состав, вооружение и боевую технику.
Вскоре после прибытия Приморской армии, потерявшей большую часть воинского состава и тяжелого вооружения, в Севастополь был издан боевой организационный приказ по СОРу от 9 ноября 1941 года, подписанный генерал-майором Петровым. В основу плана обороны была положена уже существовавшая секторная организация. На должность командиров секторов намечались армейские коменданты из числа командиров прибывших стрелковых дивизий, в секторы включались все части морской пехоты, причем батальоны морской пехоты вливались в стрелковые полки и впоследствии полностью передавались в армию, а полки и бригады морской пехоты придавались в оперативное подчинение Приморской армии. Так оно и будет: в результате срочных мер, принятых командованием Черноморского флота совместно с командованием Приморской армии, она была приведена в боеспособное состояние путем укомплектования ее морской пехотой, за счет выдачи артиллерийского боезапаса, горючего, продовольствия и т. д.
Проект приказа, в основу которого положены соображения генерала И. Е. Петрова, был доработан П.А. Моргуновым, Н.И. Крыловым, И.Ф. Кабалюком.
При этом штабом по сухопутной обороне Севастополя фактически стал штаб Приморской армии во главе с его начальником полковником Н.И. Крыловым. Заместителем командующего СОРом по сухопутным войскам стал И.Е. Петров. Вся артиллерия БО была сведена в самостоятельную группу во главе с начартом БО полковником Б.Э. Файном. Назначение при этом Ставкой командующего Черноморским флотом вице-адмирала Ф.С. Октябрьского одновременно и командующим СОРом, по сути, сосредотачивало в одних руках всю полноту власти по использованию всех сил флота и Приморской армии. Оставалось только грамотно применить эти немалые силы против умелого противника.
Но после сдачи Керченского плацдарма должность командующего войсками Крыма была упразднена, а командующий СОР по предложению Мехлиса был непосредственно подчинен Ставке ВГК.