Весной 1920 года после освобождения Ростова-на-Дону частями РККА призвал к соглашению с трудовым казачеством. Старые оппоненты, С. Васильченко и М. Жакова, были недовольны расширением социальной базы власти и привлечением элементов из казачьей среды. 28 мая 1920 года Донком решил добиваться от ЦК отстранения от руководства, и Сырцова, и Васильченко, по причине них невозможности сработаться в течение долгого времени.
В 1920—1921 годах – секретарь Одесского губкома РКП(б). В 1921 году участвует в подавлении Кронштадтского восстания. В 1921—1923 годах – заведующий Учётно-распределительным отделом ЦК РКП(б). С 1924 года – заведующий Агитпропотделом ЦК. Член Президиума Комакадемии, редактор журнала «Коммунистическая революция».
На пленуме ЦК РКП в апреле 1925 года С. И. Сырцов выступил с содокладом «О положении казачества», обосновывающим необходимость договорённости власти с трудовым казачеством в условиях нэпа и вовлечения казачества в социалистическое строительство. По итогам пленума в тексте резолюции был зафиксирован курс партии на тщательный и постоянный учёт особенностей и традиций в казачьих областях, искоренение розни между казаками, крестьянами и ранее угнетенными национальностями, на полный отказ от насильственных мер в борьбе с остатками казачьих традиций. Был пересмотрен вопрос о лишении избирательных прав станичных и хуторских атаманов, восстановлены в избирательных правах реэмигранты, привлечены в аппараты местных Советов представители казачьей интеллигенции. Принято решение вовлекать казаков во все общественные организации – комсомол, кооперацию, ККОВы. Даны равные права крестьянам и казакам при поступлении в учебные заведения, не допускалась дискриминация казачества в национальных районах. Как для казачества, так и для самого Сырцова стало важнейшей вехой принятие этого документа. Принципиальные решения пленума ЦК РКП(б) обеспечили начало реабилитации казачества и возвращение 30 тысяч казаков-эмигрантов на Родину.