Количество сторонников независимости от Москвы среди казаков стремительно росло. Но вместо того чтобы договориться с ними, Годунов попытался силой принудить их к покорности. Запретил казакам появляться в русских городах, где у многих были семьи и где они торговали. Воеводам предписывалось сажать их в тюрьму, кого поймали – казнили. Против казаков даже началось строительство крепости (Царёв-Борисов на Северском Донце).
Кроме того, стали создаваться отряды добровольцев, чтобы нападать, отлавливать казаков, для этого привлекались даже «воровские» банды. Так, некий атаман Болдырь совершил несколько рейдов на Медведицу, хватая казаков, за что получил награду.
Но карательные акции вызвали вовсе не ту реакцию, на которую рассчитывал Годунов. В ходе борьбы против турок и татар у казаков Дона установились прочные связи с запорожцами. Несмотря на разное подданство, те и другие казаки считали себя братьями, помогали друг другу, предпринимали совместные походы. Теперь и на донцов, и на запорожцев катились гонения, и они заключили договор «стоять за един».
И на нападения казаки ответили адекватно, ударили на Воронеж и сожгли его. Фактически смута началась не с Москвы, а с Дона и Запорожья.
Впрочем, Годунов испортил отношения не только с казаками. Он ухитрился подгадить всем слоям населения. Крестьяне на Руси были вольными. Но по образцу Польши, Прибалтики, Германии власти решили закрепостить их. И в 1593 году было отменено право ухода от помещиков на Юрьев день, а в 1597 году на Руси учредили общегосударственную структуру по «сыску беглых». Мало того, ещё был принят закон, что любой вольный человек, проработавший полгода по найму, превращался в потомственного холопа.
Начались страшные злоупотребления. Царские приближённые, бояре, дворяне заманивали мастеровых, даже хватали людей на дорогах, вымогая кабальные записи.
В 1598 году Годунов через Земский Собор обеспечил свое избрание царём. Но чувствовал себя на троне непрочно и развернул репрессии против возможных соперников. Опасаясь заговоров, Годунов внедрил повальное доносительство – холоп, донёсший на дворянина, получал его поместье. Города наводнили шпионы.
Пострадали и купцы, посадские. Годунов увеличил налоги и ввёл западную систему отдавать их на откуп частным лицам. Этим тоже пользовались его клевреты, обирая народ и разоряя торговцев.
А в 1601-1602 годах случился двухлетний неурожай. Начался голод. В одной только Москве в общих могилах погребли 127 тысяч умерших. Хозяева распускали крепостных, которых нечем было кормить, другие разбегались сами, погибали, бродяжничали.
В 1604 году на Русь выступили 3 тысячи шляхты и 2 тысячи запорожцев во главе с «царевичем Дмитрием» – Лжедмитрием I. И едва он перешёл границу, на его сторону стали переходить города – Моравск, Чернигов, Путивль, Кромы, Рыльск, Севск, Белгород, Курск… Поддержало Самозванца и остальное казачество.
Впрочем, при описании Смуты часто бывает неясно, о каких именно казаках идёт речь. Скорее всего, речь идет просто о разбойничьих шайках. Хронисты пишут, что сторону Лжедмитрия приняли вооружённые крестьяне, которые именовали себя «казаками», не будучи ими.
Так что те из историков, кто говорит о широкой поддержке Самозванца казаками, либо врут, либо заблуждаются. Например, некоторые из авторов исторических хроник пишут, что к Самозванцу «пришли 12 тыс. конных запорожцев» – цифра абсолютно нереальная. Сечь вместе с женатыми «зимовыми» выставляла лишь 6 тысяч, из них 1,5-2 тысячи конных.
Очевидно, это были смешанные войска, среди которых было немало кочевников-изгоев, которые, узнав об успехах Самозванца, хлынули к нему в надежде на добычу и награды.
И в январе 1605 года в битве у Добрыничей эти мнимые «запорожцы» при первом же натиске царских войск кинулись наутёк, воеводам осталось только гнать и рубить их.
Так что успех Самозванца определили не казаки, а то, что вся страна ненавидела Годунова. Его ратники геройствовать и погибать ради него не стремились. А 15 апреля царь умер, оставив престол сыну Фёдору. Тут же среди войска и бояр возникли заговоры, ставившие целью с помощью Лжедмитрия избавиться от Годуновых.
Федор был свергнут и убит. И Самозванец торжественно воцарился в Москве. Но бояре не для того свергали Годуновых, чтоб посадить себе на шею безродного пройдоху, и стали готовить переворот.
В мае 1605 года на свадьбу Лжедмитрия и Марины Мнишек понаехали тысячи поляков. Вели себя по-хозяйски, безобразничали, задирали русских, насиловали женщин, даже из знатных родов. И москвичи охотно поддержали заговорщиков. Самозванец был убит. Царём стал Василий Шуйский. Был низложен и поставленный Лжедмитрием патриарх, грек Игнатий. Его место занял митрополит Казанский Гермоген. Он был из донских казаков, прославился как строгий ревнитель веры, а в царствование Самозванца не боялся обличать его.
Но положение в стране уже вышло из-под контроля. Поднялась вторая волна Смуты – восстание Болотникова. В этом движении против рода Шуйских объединились самые разные силы – дворяне, казаки, крестьяне.