После заседаний парламента 1584/85 гг. руководство пресвитерианского движения по инициативе лондонской организации решает, несмотря на неудачи, начать процесс создания пресвитерианской церковной организации в стране. Первым шагом должна была стать подготовка документа, регламентирующего её устройство, что было поручено Уолтеру Траверсу, который назвал это документ «Книга Дисциплины». Пресвитерианские историки объясняли долгую выработку документа тем, что Траверс много времени тратил на полемику с Ричардом Хукером в церкви юридических корпораций, в которой он служил. Но установлено, что с марта 1586 г. Траверсу было запрещено там проповедовать за пуританские взгляды, так что П. Коллинсон считает причиной того, что «Книга Дисциплины» появилась лишь в 1587 г., отсутствие единодушной поддержки этого проекта среди пуритан — по его словам, «Траверс не писал бы книгу из 22 страниц в течение двух лет». «Книга Дисциплины», как выяснено, не встретила единодушной поддержки в лучше всего изученных Дедгэмских «классах».
Согласно «Книге Дисциплины», управление общиной строилось но женевскому образцу — создавался пресвитерий (консистория) с четырьмя степенями должностных лиц (пасторами, докторами, старостами, диаконами), которые принимали решения простым большинством. Роль общины в значительной мере была пассивна, но при отлучении от причастия, выборе или низложении священника всё предписывалось делать с её ведома и согласия. П. Коллинсон считает, что «это была гибкая система церковного устройства, которая по-разному могла быть истолкована добивающимся единоличной власти пастором, энергичной верхушкой общины, или замыслившими мятеж против руководства самими её членами». Для приспособления системы к английским условиям была разработана иерархическая система синодов пресвитерианской церкви. 12 общин составляли конференцию (классы). На этом уровне производилось возведение в сан. Двадцать четыре такие конференции составляли провинцию, посылая двух священников и двух старост на провинциальный синод, который созывался раз в полгода или чаще. Делегатами на национальный синод отправлялись по три священника и три старосты от каждой провинции. На этом высшем уровне обсуждались вопросы доктрины, дисциплины, церемоний. Решения органа вышестоящего уровня были обязательны для всех нижестоящих, хотя разрешалось посылать апелляции с уровня общины в адрес самой высшей инстанции. В этой системе не было места органам светской власти и монарху{1863}
.По признанию исследователей, пика активности пресвитерианское движение достигло в 1586–1589 гг. Пуритане тщательно подготовились к парламенту 1586/87 гг., во время заседаний которого в Лондоне, как предполагают, состоялся первый пресвитерианский национальный синод. В адрес парламента была направлена масса петиций с мест в поддержку реформы церковного управления, что было частью спланированной кампании по оказанию давления{1864}
.Один из узловых эпизодов в истории пресвитерианского движения — действия пресвитериан во время работы парламента 1586/87 гг. Как показали историки, усилия пуритан в парламенте опять свелись к попыткам представить законопроект о введении пресвитерианского строя в церковь Англии с прилагавшейся к нему «Книгой Дисциплины» Траверса. В очередной раз эти усилия заблокировала непосредственно королева Елизавета, прямо изъяв этот билль из парламента, а содержание билля раскрыл и истолковал для депутатов в своей речи в парламенте 4 марта 1587 г. Кристофер Хэттон — член Тайного совета, вскоре назначенный лордом-канцлером, который был противником пуритан.
Хэттон апеллировал, в первую очередь, к собственническим инстинктам депутатов парламента и утверждал, что пресвитерианская система потребует большого числа проповедников, на содержание которых не хватит наличных церковных средств, что приведет к изменению отношений собственности — потребуется возвращение того имущества и земель, которые после начала Реформации перешли от церкви к светским лицам. Установлено, что некоторых представителей светской знати, своих покровителей пресвитериане действительно соблазняли новым грабежом земель и имущества епископов. Но несколько влиятельных придворных (лорд-казначей Уильям Сесиль, фаворит Елизаветы граф Лестер, государственный секретарь Фрэнсис Уолсингем), испытывавшие симпатии к умеренному пуританизму, не были готовы поддерживать пресвитериан при отрицательном отношении к ним со стороны королевы. При всей организованности своих действий в парламенте просвитериане, как подчеркивают историки, не учли того, что большая часть светских лиц из числа наиболее значительных собственников не хотела восстановления церкви как влиятельного социального института, обладающего значительными материальными средствами{1865}
.