Исследователи предпринимали усилия с целью выявить, в каких графствах пуританское движение было наиболее активным и где можно обнаружить свидетельства существования пресвитерианских «классов». Как выяснено, движение было наиболее активным в Лондоне, Эссексе, Суффолке, Норгемптоншире, Уорикшире. Сохранились следы активности в Девоншире и Корнуолле, Лестершире и Оксфордшире. Но даже в графствах, которые зарекомендовали себя как пуританские, сторонники пуританизма чаще всего не были равномерно распределены по их территории. Существует мнение, что руководство пресвитерианской организацией носило авторитарный характер, далеко не всегда учитывало интересы основной массы, а сама организация создавалась целенаправленно, а не вырастала из стремлений рядовых членов. Отчетливо пресвитерианский характер движению стремилась придать лондонская организация, но большинство «классов» так и не подписали «Книгу Дисциплины», рекомендуя своим членам уживаться с наличным церковным устройством, по всем важнейшим вопросам консультироваться с конференциями — фактически это было попыткой «устроить пресвитерий при епископате». Тех, кого совершенно не устраивал епископальный строй, было меньшинство. Материалы о развитии пресвитерианского движения конца 1580-х годов, как отмечают историки, сохранились в основном в форме допросов пуритан в Звездной палате в 1591 г.{1866}
1588 г. принес, по мнению исследователей, начало отступления пресвитерианского движения, к чему привело влияние ряда факторов. 26 марта этого года умер глава лондонской организации Джон Филд, которого сменил Уолтер Траверс, но его действия в качестве главы, по признанию историков, были менее активными и динамичными. Неблагоприятно повлиял на судьбу пресвитерианского движения также разгром испанской Армады. По мнению современников, ход событий демонстрировал явную Божью благосклонность к Англии, а это могло означать, что не так все плохо и в церкви Англии, как представляют дело пресвитериане. В 1588–1590 гг. умерли несколько придворных покровителей пуританизма (граф Лестер, Уолтер Майлдмэй, Фрэнсис Уолсингем и граф Уорик), и двумя достаточно влиятельными покровителями пуритан оставались лишь Фрэнсис Ноллис — член Тайного совета, и граф Хантингдон, возглавлявший Северный совет. Решающая же роль в придворных кругах к этому времени переходит к антипуританским силам — группировке Уитгифта-Хэттона, поддерживаемой группой англиканских богословов и юристов гражданского права, выражавших мнения и интересы королевы в религиозных делах{1867}
.Заметным явлением в пуританском движении конца 1580-х гг., привлекающим внимание исследователей, была публикация памфлетов, которые выходили под именем Мартина Марпрелата (“to mar prelates” — мучить прелатов). В памфлетах был подвергнут едкой критике епископальный строй церкви. В начале XX в. эти сочинения были собраны и переизданы под редакцией У. Пирса{1868}
. Относительно авторства памфлетов нет однозначного мнения{1869}. Обычно в качестве их вероятных авторов приводят имена пуритан Джоба Трокмортона, Джона Пенри, или даже Томаса Картрайта. А.Л. Роуз считал, что памфлеты написаны в слишком секулярном стиле человеком, способным в юмористическом духе писать на религиозные темы, и делал вывод, что автором мог быть Майкл Хикс, секретарь Уильяма Сесиля, лорда Берли{1870}. Авторство трактатов, возможно, в какой-то степени было коллективным. Всего с октября 1588 г. по сентябрь 1589 г. вышло семь памфлетов{1871}.Авторы памфлетов отрицали, что их целью является внесение в церковь демократического строя: «…управление церковью Христа — не народное управление. Оно монархическое в отношении главы церкви — Христа, аристократическое в лице старост, демократическое — в лице членов общины. Таково и управление королевством: монарх, аристократия в верхней палате парламента, народ в нижней палате»{1872}
.