Следующий шаг по реорганизации органов государственной безопасности еще более ослабил их боеспособность в таком важном звене, как военная контрразведка. В соответствии с постановлением Правительства Союза ССР от 8 февраля 1941 года Особый отдел ГУГБ НКВД СССР, на который возлагались задачи «борьбы со шпионажем, диверсией, вредительством и всякого рода антисоветскими проявлениями в Красной армии, а также информирование высших инстанций о состоянии войск», был выведен из состава НКВД, преобразован в 3‐е управление и переподчинен наркому обороны и наркому Военно-морского флота. Как показало время и главный экзаменатор — война, то было крайне ошибочное решение, а его последствия имели самые пагубные последствия.
Как результат, военная контрразведка превратилась в «карманную» при командирах и во многом зависела от их воли и желаний. Теперь все назначения, даже оперативного состава, начиная с оперуполномоченного полка, утверждались приказами по военному ведомству, а по поступающей от них оперативной информации решения принимались абсолютно некомпетентными людьми. Наряду с этим многие командиры, не желая «выносить сор из избы», каждый на своем уровне «гасил» информацию, касавшуюся недостатков в организации боевой подготовки, мобилизационной готовности и т. д. Все месте взятое вело к тому, что высшее политическое руководство страны утратило один из важнейших каналов получения объективной информации об истинном положении в войсках. Кроме того, вывод Особых отделов из единой системы обеспечения государственной безопасности тут же резко сказался на результативности их работы по таким основным направлениям, как агентурное проникновение в спецслужбы противника и борьба со шпионажем.
Неизбежное под нажимом командиров смещение акцентов в работе особистов от контрразведки в сторону хозяйственно-бытовых проблем, когда им приходилось заниматься проверкой продовольственных складов и расследованием банального воровства, вело к их профессиональной деградации. К этому также примешивался и личностный момент: те из командиров, кто пережил массовые репрессии, теперь отыгрывались на особистах за свои прежние страхи и нередко ставили их в общий строй или гоняли как «сидоровых коз» на учебных полигонах.
Осложнявшаяся с каждым днем оперативная обстановка, особенно на западных границах, требовала внесения корректив в работу военных контрразведчиков. 19 апреля 1941 года было принято новое постановление ЦК ВКП(б) и СНК СССР о Третьих управлениях НКО и НКВМФ. В нем констатировалось следующее:
В развитие требований постановления в штаты органов Третьих управлений в Центре и на местах: в округах, на флотах и флотилиях, в армиях и корпусах, дивизиях, укрепленных районах и гарнизонах — были введены должности заместителей начальников Третьих управлений, отделов и отделений с непосредственным их подчинением соответствующим НКГБ — УНКГБ по территориальности. Содержались они за счет штата НКГБ — УНКГБ и назначались на эти должности их приказами.
Но и это решение носило половинчатый характер. Военная контрразведка по-прежнему действовала вне общей системы государственной безопасности. Более того, такая двойственность положения усиливала межведомственные трения. Окончательно все на свои места расставила война.
Накануне