Владыка, зная отца Агафона еще со времени своего студенчества и памятуя сказанные о нем слова общего их духовного отца, понимал, что в нем может иметь себе надежнейшего помощника во всех своих благих начинаниях, а наипаче в делании духовном, почему и назначил его вскоре наместником монастыря, а 5 мая 1924 года возвел его в сан архимандрита. Вместе с этим отцу Агафону было благословлено вести исповедь приходящих в монастырь богомольцев – мирян и монашествующих.
Таким образом, 1924 год явился началом созидания нового общества о Господе, где все стремление всех членов было только о едином на потребу. И совершилась здесь чудная воля Божия, ибо на почве скорби о разлучении с любимой пустыней положено было пустынными иноками начало пустыни в столице; глубокая печаль была как бы родительницей тихой и вместе с тем крепкой уверенности и радости; стесненность духа успокоилась в тихой и кроткой надежде на Бога.
В этом же 1924 году стала обрисовываться и деятельность батюшки, с наибольшей полнотой раскрывшаяся впоследствии. К слову пустынного, но опытного монаха, ученика старцев, стали привлекаться сердца людей различных состояний, многие задумывались над простым иногда, но всегда вдумчивым опытным советом; боль душевная утолялась, когда в духовнике находили себе не судью, а состраждущего, искусного целителя. Вначале очень незаметно, но потом все больше и больше вокруг клироса, где исповедовал отец Агафон, стали толпиться люди – и москвичи, и приезжие, образованные и простые, взрослые и юные, женщины и мужчины.
Но и это благословенное начало – созидание нового благодатного корабля – не обходилось без испытаний и общих, и частных. Летом того же года зимняя церковь Петровского монастыря была закрыта, и вновь собранное общество должно было искать себе приюта в чужих стенах. И тогда же, летом 1924 года, оступившись при поездке на трамвае, батюшка почувствовал усиление своей болезни – энцефалита. Ноги стали с трудом передвигаться, он стал замечать и замедление в движении рук. Путь, на который его поставил Господь, здесь же требовал как бы искупления, очистительного искушения в болезни; так начертывалось направление внутреннего креста батюшки – несение болезней душ к нему приходящих при собственной тяжелой телесной болезни.
Господь вскоре утешил рабов Своих, и новый духовный корабль опять обрел себе пристанище в стенах Боголюбского храма Петровского монастыря, который был открыт в конце августа того же 1924 года. С радостью и торжеством совершили иноки свою первую вечернюю благодарственную службу и водворились под покровом Боголюбивой Божией Матери.
Для исповеди приходящего народа батюшке был выделен просторный левый клирос. Сам Владыка не имел подходящего места для своих духовных занятий; трогательно было видеть, как архипастырь смирялся в этом отношении перед отцом наместником. Он точно тщался исполнить апостольское слово:
Батюшка по своей болезненности принимал народ сидя в маленьком креслице, слегка откинувшись назад (в первые годы своей болезни, потом он стал согбенным), иногда слушал излияния души, ненадолго закрывая глаза. Говорил он очень мало, только вставит вопрос, необходимый по ходу рассказа; иногда отпустит, только разрешивши грехи, иногда же скажет слово, которое насквозь пронзит душу. Принимая как послушание благословенное ему дело исповеди и руководства, батюшка как истинный послушник со всей искренностью относился к нему, а относясь так, со временем от всего сердца полюбил это дело. Так поставлен был Господом светильник на свещнице, чтоб светить всем к нему приходящим…