Все началось с того, что в ноябре 1666 года в Москву прибыли два патриарха Антиохийский Макарий и Александрийский Паисий. Надо отметить, что Восточные патриархи томились под турецким игом, и их патриархаты были меньше некоторых епархий Русской церкви, но за ними стояло древнее благочестие, и они считались равными Московским патриархам. Среди них было сомнение, как судить грекофила Никона, который стоял горой за соединение в обрядах Русской церкви с Вселенской Православной церковью. Поэтому два ведущих патриарха (Константинопольский и Иерусалимский) не рискнули приехать в Москву судить Никона. Также никаких полномочий на суд над Никоном они никому не передавали, как утверждали Макарий Антиохийский и Паисий Александрийский. Паисий Лигарид, которому было поручено исполнять обязанности докладчика, сумел настроить их против Никона. Главным его аргументом было то, что нужно угодить русскому царю, от которого за осуждение Никона можно было поручить богатые и щедрые подарки.
В начале декабря 1666 г. Никон был привезен в Москву. Перед отъездом из монастыря он приобщением и елеосвящением приготовился к собору, словно к смерти, выступил с поучением к братии и простился с нею. Никон явился на собор во всем величии патриаршего сана, с преднесением креста, так что все и сам царь должны были встать при его входе… Царь указал ему на место наряду с архиереями. Никон огляделся и, увидев, что не было для него особенного почетного патриаршего места, сказал: «Благочестивый царь, я не принес своего места с собою; буду говорить стоя». Все восемь часов, пока продолжалось заседание, Никон простоял, опершись на свой посох.
На соборе дело приняло такой вид, как будто бы между царем и патриархом шла тяжба, а собор должен был совершить суд. Сам государь со слезами на глазах, взволнованным голосом начал жаловаться на самовольное удаление патриарха, на восьмилетнюю смуту в церковных делах и заявил, что никакой вражды не питал к Никону. Будь Никон уступчивее, смирись он, хотя немного, и, кто знает, быть может, тут же на соборе совершилось бы примирение между прежними друзьями. Но Никон, во всем блеске своего величия, опершись на посох, гордо стоял пред царем и собором. Много горечи и обиды накопилось в его душе; не смирение и любовь, а чувство обиды говорило в сердце его! На обвинения он отвечал обвинениями, объяснил, что ушел от гнева государя, а патриаршества не оставлял. Царь предъявил собору перехваченное письмо Никона к Византийскому патриарху и жаловался на обидные выражения. Никон отвечал, что послание писал он к своему собрату тайно и не виноват, что написанное тайно сделалось явным. Крайне раздраженный спором, он выразил тут же сомнение в достоинстве собора и в праве собравшихся лиц судить его и даже усомнился в православии греческого Номоканона, напечатанного в Италии (странным образом здесь его критика совпала с критикой новопечатных книг старообрядцами).
12 декабря в патриаршей крестовой палате Никону были прочтены обвинения. Ему выставлялось на вид, что он смутил Русское царство, вмешивался в гражданские дела; что давал своему монастырю гордые названия Вифлеема, Голгофы, Иерусалима; что злоупотреблял анафемой, Номоканон называл еретической книгой; что мучил иноков мирскими наказаниями и пытками.
Его объявили лишенным патриаршества и священства, только иночество было оставлено за ним. Затем был исполнен обряд снятия сана. При этом Никон спросил: «Почему вы действуете здесь, в монастырской церкви, тайно, как воры? При всем народе в соборе умоляли меня принять патриаршество. Пойдем и теперь в ту же великую церковь». Патриархи сами сняли с него клобук и панагию. Не смог снести всего этого бывший всесильный владыка, не сдержал своего сердца. «Жемчуг-то с клобука поделите меж собою, – сказал он, – придется вам по нескольку золотников. Бродяги!.. ходите повсюду за милостыней, чтобы султану заплатить дань!».
Решено было отвезти Никона в заточение в Ферапонтов монастырь. «Никон, Никон! – говорил он, садясь в сани. – Отчего все это тебе приключилось? Не говори правды, не теряй дружбы сильных. Устраивал бы ты богатые трапезы да вечерял бы с ними – не было бы тебе этого!»
На этом и закончился первый этап так называемого Великого Московского собора 1666-1667 гг.
Раскол Русской церкви
Низложив Никона, через полтора месяца, а именно 31 января 1667 г., собор избрал на его место Иоасафа, архимандрита Троице-Сергиевой лавры. Престарелый и незаметный новый патриарх стал именоваться Иоасафом Вторым, патриархом Всея Великия, Малыя и Белыя Руси.