И после собора многие не отказывались от мысли переубедить Аввакума. Его расстрижение было встречено большим возмущением и в народе, и во многих боярских домах, и даже при дворе, где у ходатайствовавшей за Аввакума царицы было по этой причине «великое нестроение» с царём. Вновь уговаривали Аввакума уже перед лицом Восточных патриархов в Чудове монастыре («ты упрям; вся-де наша Палестина, и Серби, и Албансы, и Валахи, и Римляне, и Ляхи, все-де тремя персты крестятся; один-де ты стоишь на своем упорстве и крестишься двема персты; так не подобает»), но он твёрдо стоял на своём: «Вселенсии учителие! Рим давно упал и лежит невосклонно и ляхи с ним же погибли, до конца враги быша христианам, а у вас православие пестро; от насилия Турского Магмета немощни есте стали; и впредь приезжайте к нам учиться», «побранил их сколько мог» и, наконец, «последнее слово рек: «Чисть есмь аз и прах, прилепший от ног своих отрясаю пред вами, по писанному: лучше един, творяй волю Божию, нежели тьмы беззаконных».
В результате церковного суда Аввакум, Никофор, Епифаний и Лазарь были приговорены к ссылке на дальний север России в Пустозерск. Причем Епифанию и Лазарю отрезали языки и отсекли кисти правых рук.
Таким образом, деяния и определения Большого собора 1666-67 гг. внесли еще большую смуту в умы русских людей и окончательно определили Раскол в Русской церкви.
Реформа была выгодна многим. Восточным патриархам она была весьма по душе, так как проводилась в согласии с греческими новыми книгами и закрепляла их главенство в вопросах веры, утверждала их духовный авторитет, к тому времени на Руси сильно поблекший. Государственная власть тоже видела свою геополитическую выгоду в реформе. И Ватикан в реформе православной Церкви тоже имел свой интерес. С присоединением Украины к Москве в России стало сказываться юго-западное влияние. В Москву понаехало множество украинских и греческих монахов, учителей, политиков и разных дельцов. Все они были в различной степени пропитаны католицизмом, что не помешало им, а, может быть, даже и помогло, приобрести большое влияние при царском дворе. Паисий Лигарид, продолжая дело митрополита Исидора, вел в это время переговоры с католическим Западом о соединении русской Церкви с римской. Он пытался склонить к этому и Восточных патриархов. Русские же архиереи во всем были послушны царю. Так, новый патриарх Иоаким, ставший им в 1674 г., после смерти Иоасафа II, заявил: «Я не знаю ни старой веры, ни новой, но что велят начальницы, то я готов творить и слушать их во всем».
Несмотря на то, что на соборе 1666-67 гг. многие противники церковной реформы принесли покаяние, сопротивление никоновской реформе росло.
Сильнее всего сказалось противодействие реформе на дальнем севере – в Соловецком монастыре. Когда еще в 1657 году сюда были присланы новые книги – здесь их не хотели принимать, и началось «стояние за старую веру». Сначала в Москве не обратили большого внимания на это – были заняты вопросом о Никоне. В Соловках было много приверженцев старины. Главным коноводом явился архимандрит Никанор, живший здесь на покое; он был заклятый ревнитель старины и более всех побуждал братию «постоять за старую веру».
В Соловецком монастыре смелее, чем где-либо, раздались мятежные крики: «Не принимаем новоизданных книг; не хотим знать троеперстного сложения, имени Иисус, трегубого аллилуйя! Все это латинское предание, антихристово учение; хотим оставаться в старой вере и умирать за нее!».
Когда же из Москвы были присланы новые увещания, соловецкие монахи повторяли то же самое, говоря, что они готовы умереть за старину, и прибавляли: «Вели, государь, на нас свой царский меч прислать и от сего мятежного жития переселить нас на оное безмятежное житие».
После этого действительно оставалось только обнажить меч. В 1668 году под стенами Соловецкого монастыря явился небольшой отряд стрельцов. Со стен обители загремели пушки. Стены, построенные еще Филиппом, были крепки, на них стояло 90 пушек, запасов было много; в монастыре было человек пятьсот всякого люда, в том числе немало казаков с Дона. Мятежники думали «отсидеться» и «отбиться» от царской рати.
Только через восемь лет после упорной обороны, 22 января 1676 г., удалось уже третьему воеводе взять монастырь приступом. Главнейшие мятежники были повешены.
Другим очагом сопротивления церковной реформе стал Пустозерский острог в Архангельской губернии, куда тотчас после собора 1667 года были сосланы знаменитые защитники древнерусского благочестия протопоп Аввакум, священник Лазарь, диакон Благовещенского собора в Москве Феодор и инок Епифаний, а также протопоп Никифор, который вскоре умер. Все они были заточены в земляные тюрьмы.