Руководствуясь древними соборными правилами о перекрещивание еретиков, раскаявшихся в своей деятельности, старообрядческая церковь стала принимать к себе духовных лиц, рукоположенных в новообрядческой церкви, в сущем их достоинстве. В старообрядчество шли охотно и вполне искренне, главным образом священники старого духа – из низов. Правительство объявило их «беглыми»: они действительно были в постоянных побегах, укрываясь от преследований и гонений, отсюда и пошло название беглопоповцы.
С течением времени перекрещивание было заменено миропомазанием – «вторым чином», а еще позже у части беглопоповцев «исправа» попов стала осуществляться через простое проклятие ересей, т. е. «третьим чином». Правда споры о чиноприятии беглых попов привели к разделению беглопоповцев на две части: «перемазанцев», составляющих огромное большинство, и дъяконовцев, отстаивающих прием беглых попов «третьим чином». Споры вокруг того, каким чином принимать беглых попов, занимали центральное место во внутренней жизни беглопоповцев весь XVIII век.
Священники Старообрядческой церкви совершали все присущие их власти таинства и требы: крестили, миропомазывали, исповедовали, причащали, венчали, елеопомазывали, погребали умерших и т.п. Они не имели власти освящать миро – эта власть принадлежит епископу. Но и это затруднение было разрешено согласно древним установлениям Церкви. Мира у священников было много, еще освященного прежними патриархами; сохранилось миро даже патриарха Филарета. Но с течением времени оно уменьшалось, поэтому его стали разбавлять освященным елеем, что по необходимости разрешается церковными правилами.
Священники также не имеют права освящать церкви (храмы), если нет антиминса. Но в старообрядческой Церкви сохранились древние антиминсы, освященные прежними епископами. На них старообрядческие священники и освящали церкви и совершали Божественную литургию.
Затруднительные и сложные вопросы, возникавшие в старообрядчестве, разрешались соборно, общим голосом всей Церкви. На соборы съезжались игумены монастырей, священноиноки, иереи приходских церквей, почетные старцы (иноки) и уполномоченные от приходов мирские люди, главным образом начитанные мужи, знающие Священное Писание и церковные каноны. В соборных заседаниях принимали иногда участие и благоговейные инокини. Соборы объединяли в себе все церковное управление, устанавливали порядок и благочиние в церквах, определяли старшинство между духовными лицами, проверяли их деятельность, разрешали всякие сомнения и недоразумения и т.п.
Основными центрами беглопоповцев изначально был Нижегородский уезд, где скрывались десятки тысяч старообрядцев, Донская область Черниговская область. Беглопоповщина привлекала к себе главным образом посадское население и крепостных крестьян. Пользовалась она симпатиями и у донских казаков.
В Нижегородском крае на реке Керженец было основано множество старообрядческих сел и скитов, как беглопоповского, так и беспоповского толков. Так, в 1680-ые годы на Керженце было 77 старообрядческих скитов и более чем 2 тыс. монахов и насельников. Главным скитом здесь был Смольяны. Там нередко созывались старообрядческие соборы, шли шумные споры об истолковании старых книг, пророчеств и писаний апологетов старой веры, в том числе и Аввакума, и отсюда по разным общинам рассылались священники и миссионеры.
В Нижегородском крае в начале XVIII века насчитывались десятки тысяч старообрядцев. Церковные власти не ограничивались одними миссионерскими мерами и нередко посылали воинские команды для разорения старообрядческих скитов. Разгром Керженца начался при Петре I. В Нижнем Новгороде был казнён знаменитый старообрядческий диакон Александр, составивший книгу Ответов на вопросы Питирима (нижегородского епископа): ему отсекли голову, а тело его сожгли и пепел бросили в Волгу. Особенно боролся со старообрядцами епископ нижегородский Питирим, сам выходец из старообрядцев. Его стараниями старообрядческое население в нижегородском Поволжье сократилось в разы. Так, если в 1718-1724 гг. старообрядцев было более 122 тыс. чел., то к 1737 г. их число сократилось до 5 тыс. чел. Это оставшееся старообрядческое население сосредоточилось в скитах. Особенно были известны скиты Онуфриевский, Софроновский и Лаврентиевский, названные по именам тамошних старцев. Существовали мужские и женские скиты, находившиеся под руководством «отца» или «матери». Ряд скитов Нижегородской губернии был описан в романах П.И. Мельникова «В лесах» и «На горах», где приводится подробное описание быта и обычаев нижегородских староверов.
После разгрома Керженца староверы бежали на Урал, в Сибирь, в Стародубье, на Ветку и в другие места. Выходцев из Керженских скитов на Урале и в Сибири стали называть кержаками, этот термин в дальнейшем распространился на всех старообрядцев Урала и Сибири.