Вскоре после приезда, точнее в марте 1794 года, Тадеуш Костюшко, присягнув на верность, возглавил восстание. Став его руководителем и вдохновителем, он получил всю полноту власти, включая и право назначать Высший народный совет для временного управления страной, а также право вершить суд, казнить и миловать. Первую победу над русскими войсками повстанцы одержали у деревни Рацлавицы, чем увеличили и без того высокую популярность своего предводителя Тадеуша Костюшко. Поляки выгнали русских из Варшавы и Вильно, в то время как Костюшко с собственным войском, опираясь на полученный в Америке опыт военного инженера, с блеском отразил русско-прусскую осаду Варшавы.
В порыве патриотизма Костюшко решил расширить свои права как руководителя восстания. Желая привлечь весь народ к восстановлению независимости Польши, он издал знаменитый Полонецкий универсал, где даровал всем крестьянам Речи Посполитой свободу и защиту вместе с уменьшением повинностей. Однако помещики не спешили выполнять предписания универсала, в результате чего крестьяне не получили обещанных льгот и послаблений и потому не слишком активно поддержали восстание.
В бою у местечка Мацеевичи огромная армия Суворова наголову разбила польское войско. Раненый Костюшко попал в плен и был отправлен в Петербург. Его заключили в Петропавловскую крепость и держали в камере до восшествия на престол Павла I, который обещал отпустить его и других поляков, если все они присягнут на верность русскому царю. Император сдержал слово и после присяги даровал пленникам свободу.