Успехи книгопечатания повлекли за собой бурное развитие публицистики. Самые прогрессивные деятели, обращаясь к широким кругам, критиковали строй феодальный Польши. Одним из таких писателей был Анджей Фрыч-Моджевский (1503–1572), воспитанник Ягеллонского университета, ставший известным благодаря своему трактату «Об улучшении Речи Посполитой». В нем на хорошем польском языке были изложены требования равноправия перед законом шляхты и крестьян, а также создания трибунала, в выборах которого могли бы участвовать все сословия. Фрыч-Моджевский осуждал произвол феодалов, отбиравших у крестьян земли, говорил о необходимости мирного решения конфликтов между государствами, напоминал читателю об отличии войны освободительной от захватнической.
Спокойный в военном отношении XVI век стал временем благоприятным для расцвета польской поэзии, все дальше и дальше уходившей от религии. Широко известен польский поэт, выходец из Ягеллонского университета, Николай Рей (1505–1569), в своих произведениях показавший себя патриотом Польши и противником папского Рима. Талантливый стихотворец Ян Кохановский (1530–1584), чьей alma mater тоже был Ягеллонский университет, считается основоположником польской светской драмы, его произведения исполнены горячей любви к своему народу.
Дальнейший расцвет университета был омрачен возросшим влиянием на духовную жизнь иезуитского ордена. Борясь против реформации, иезуиты старались взять под контроль образование и, следовательно, воспитание будущей польской интеллигенции. Школы при иезуитских монастырях были серьезными конкурентами Ягеллонского университета, особенно в XVII–XVIII веках, когда почтенное заведение испытало упадок. Однако научная работа не замерла, в частности астроном Я. Брожек – последователь Коперника, автор трактата по теории чисел – продолжал работу несмотря на преследования орденских братьев. Активно проводил свои исследования С. Пудловский, автор идеи использования величины амплитуды маятника в качестве единицы измерения длины.