В ночь на 28 сентября 1918 года, во дворе пересыльной тюрьмы и на улице около неё было необычно много охранников. Даже измученных, жестоко избитых ревкомовцев боялись. Чтобы скрыть истинные планы и избежать нападений со стороны жителей города и партизан, палачи заранее распустили слух, что заключённых везут в Уфу. Это было весьма правдоподобно. Многие уфимцы и гости столицы Башкирии знают ледовый дворец «Уфа-Арена». Мало кому известно, что в 1918-м, на месте прекрасного дворца, в бараках бывшего 103-го запасного полка, чехами был организован концлагерь, куда свозили заключённых. Стерлитамакские узники полагали, что деморализованные враги не посмеют их расстреливать, но переведут в уфимскую тюрьму, поэтому планов побега не имели, да и сил тоже.
Подвод было около двадцати. По двое арестованных посадили на каждую подводу. Впереди обоза следовал Александр Пылаев. На первой подводе ехал «контрразведчик» Абдрахман Валитов. На подводе, которая везла Шамсутдинова, устроился «контрразведчик» Шнейдерман.
Маршрут движения продумали заранее, чтобы не привлекать внимания. На Уфимский тракт вышли чрез слабо населённую часть города, по улице Выездной (ныне Нагуманова). Старались двигаться без лишнего шума, узникам заткнули рты тряпками.
На пятой версте Уфимского тракта (от главпочтамта), у второго, Бугоровского оврага, остановились.
Место было выбрано с расчётом достаточного удаления от Стерлитамака и ближайших населённых пунктов, чтобы звуки выстрелов там не были слышны. Палачи нервничали, торопились. Не успели ещё арестованные слезть со своих подвод, как тут же стали раздаваться истеричные выкрики и выстрелы. Расстреливали в упор. Воспользовавшись суматохой, в момент выстрела, Фазыл Шамсутдинов бросился на землю и скатился на дно оврага.
Обезумевшие от ненависти и страха убийцы фактически уже не были военнослужащими каких-либо регулярных воинских формирований. Комуч самораспустился ещё 10 сентября, и пресловутая «Народная армия», лишившись центрального командования и какого-либо снабжения, превратилась в обезумевшую от страха и отчаяния банду мародёров и разбойников.
Чехи, оторванные от основной массы легиона, которая уже переместилась в Сибирь и на Дальний восток, боялись отстать от своих товарищей. Они уже не хотели воевать. Многие распродавали оружие и аммуницию. Дисциплина катастрофически упала. Безсмысленная бойня мирных граждан Стерлитамака была актом отчаяния, не в последнюю очередь обусловленным стремлением уничтожить свидетелей преступлений. Позорный финал антинародной авантюры.
Расстреляли коммунаров 28 сентября, а тела обнаружили только в декабре, благодаря Фазылу Шамсутдинову, умудрившемуся сбежать в последний момент с места расстрела.
В ту ночь погибли: председатель ревкома Василий Яковлевич Прозоровский и его жена Елизавета Ивановна, член ревкома Семен Алексеевич Маторин и его сестра Елизавета Алексеевна, член ревкома Александр Александрович Ивлев, а также: Алимгулов А. А., Андриянов А. Д., Алешкин, Бадзян И. М., Бирюков И. С., Галеев Г. Л., Гарбуз Я. Н., Гавин, Голованов И. Г., Идрисов, Калашников С. С., Карабанько М. П., Казаринов А. М., Калугин, Капустин Г. И., Козлицкий П. М., Курбатов С. С., Кузнецов А. Н., Латыпов Л. С., Макурин, Паньшин Е. В., Пимкин А. С., Пищаев Ф. Г., Петров Г. Ф., Повираев П. Ф., Тихонов Г. Д., Тимофеев, Трясин Н. А., Шапилов, Филатов и многие другие.
На второй день, на Авзян-Петровской дороге, был расстрелян секретарь ревкома Сергей Иванович Холмогорцев. Он был родственником, соседом и другом семьи Ивлевых, ещё совсем молодым, тоже жил на улице Набережной (ныне Пушкина).
На следующую ночь, на берегу озера возле деревни Ишеево, была расстреляна еще одна большая группа арестованных из стерлитамакской тюрьмы.
Расстрелы на пятой версте продолжались и в октябре.
Часть арестованных «контрразведка» чрез Уфу, по железной дороге, вывезла в Сибирь, многие по дороге умерли от антисанитарии, болезней, голода. В конце сентября части арестованных удалось совершить из стерлитамакской тюрьмы массовый побег и скрыться.
Факт массовых расстрелов в Стерлитамаке и окрестностях бандиты поначалу скрывали, говорили, что всех заключённых увезли в Сибирь.
С приходом в город Красной Армии были найдены и извлечены из оврага все тела погибших. 11 февраля 1919 года состоялось почётное захоронение, на котором присутствовали тысячи горожан. В братскую могилу, на территории нынешнего мемориального сквера на улице Коммунаров, тогда опустили около 80 гробов.