Как бы там ни было, к 1799 году начинает нарастать общественное недовольство Директорией, вызванное отчасти политической оппозицией ряда парижских группировок самого разного идеологического окраса, отчасти экономическими ошибками правительства. Есть и еще одна причина шаткости Директории — уже весной 1797 года на политическую арену выходит армия. Сложившись где-то к 1794 году единой сплоченной профессиональной кастой, воспитанной на революционных принципах (недаром во времена Консулата один из самых сильных центров оппозиции Наполеону будет находиться в армии), а точнее говоря, на революционно маркированных индоевропейских воинских идеалах, армия, тяготеющая — в лице, например, таких генералов, как Бернадот, Журдан и Ожеро, — к неоякобинскому крылу Совета пятисот, начинает открыто протестовать против «прогнившего» порядка, насаждаемого «аристократами» (ругательство вроде русского слова «буржуй» в 1917 году, которым могли обозвать хоть светлейшего князя, хоть матроса второй статьи). В 1795–1798 годах происходит ряд бунтов и военных мятежей, из которых наибольшую известность получил офицерский мятеж в Риме в феврале 1798 года. Париж облетает тост, сказанный на банкете одним высокопоставленным офицером: «За славных генералов Итальянской армии, которые своими талантом и отвагой разгромили внешних врагов Республики, так пусть они как можно быстрее поведут нас против внутренних врагов!» Политический режим Директории готов рухнуть в любую минуту.
Когда 16 октября 1799 года до Парижа дошло известие о том, что генерал Бонапарт высадился 9 октября в бухте Сан-Рафаэль близ Фрежюса, город охватило ликование перед великим триумфатором, вернувшимся с героической победою (в действительности настоящими победителями были на тот момент Брюн и Массена). О бывшем члене Конвента Бодене, скоропостижно скончавшемся в те дни, стали поговаривать, что он умер от радости. Муниципальная администрация Понтарлье написала центральной администрации департамента Ду буквально следующее: «Известие о прибытии Бонапарта во Францию так наэлектризовало республиканцев коммуны Понтарлье, что некоторые из них заболели от этого, другие проливали слезы от радости, и всем казалось, что это сон». Тем временем, пока сограждане Бонапарта проливали слезы и заболевали от этого, сам Бонапарт предпочитал действовать.
Случай для решительного натиска на политический Олимп представился очень скоро. Сменивший Ребелля на посту члена Исполнительной Директории Сийес вместе с другим членом Директории и своей «второй тенью» Роже Дюко замыслил осуществить государственный переворот с целью принятия новой конституции, на сей раз за собственным авторством. Поскольку еще два члена Директории — генерал Мулен и бывший министр юстиции эпохи террора Гойе менять существующий порядок совершенно не желали, а Баррас колебался, и, кроме того, была сильна неоякобинская оппозиция в Совете пятисот, Сийесу требовалась шпага. Незадолго до гибели генерала Бартелеми Жубера при Нови 15 августа 1799 года Сийес обратился к последнему с предложением военного переворота, обращался он с тем же самым предложением и к Жану Виктору Моро, однако единомышленника нашел лишь в лице Бонапарта. 9 ноября (18 брюмера) 1799 года этот переворот осуществился. Бонапарт при поддержке генералов Бертье, Мармона и Лефевра взял на себя Совет старейшин (слова будущего императора «Мы — за республику, основанную на полной свободе!» были подкреплены бряцанием разнообразного оружия), а Талейран подкупил Барраса деньгами поставщика Итальянской армии Колло, которые он, впрочем, оставил себе, напугав Барраса видом солдатских колонн, открывавшимся из окон Люксембургского дворца.