Французы удерживали свои позиции вплоть до 3 часов дня, когда в атаку двинулся левый фланг союзников под командованием австрийского фельдмаршала-лейтенанта барона М. Меласа. Одновременно возобновили наступление Край и русские дивизии центра. Резервов у Моро не было, и он не смог подкрепить противостоявшую Меласу немногочисленную дивизию генерала Л.Г. Сен-Сира. Она была разбита, и Мелас обошел Нови с тыла. После этого французы начали покидать город, и на его улицы ворвались дивизии Багратиона и Дерфельдена. В 6 часов вечера Моро отдал сильно запоздавший приказ об отступлении. К тому времени французы уже обратились в беспорядочное бегство. Левое крыло, отходившее через Пастурано, оказалось под перекрестным огнем войск Края и занявших Нови русских дивизий. Большинство французских солдат в панике разбежалось. Генерал Э. Груши пытался с одним батальоном удержать деревню, но был ранен и взят в плен. К 8 часам вечера, с наступлением темноты, союзные войска прекратили преследование. Французы потеряли 7 тысяч убитыми и 3 тысячи пленными и лишились 37 пушек. В рядах союзников было убито и ранено около 7 тысяч человек.
Кампания 1799 года в Италии была проиграна французами из-за того, что они так и не смогли соединиться под единым командованием. В результате австро-русские войска получили возможность бить армии Макдональда и Моро поодиночке и во всех сражениях имели значительный численный перевес. В последнем сражении при Нови сыграла свою роль и ошибка Моро, не имевшего ясного представления о силах противника и не воспользовавшегося паузой в боевых действиях для организованного отвода войск.
В Неаполитанском королевстве вспыхнуло восстание против французов. 30-тысячная повстанческая армия, возглавляемая кардиналом Руффо, при помощи английского флота в сентябре освободила Неаполь. Тогда же русский десант с эскадры Ушакова вступил в Рим. Французы были изгнаны из всей Италии, за исключением Генуи, где засел сильный гарнизон.
После побед в Италии австрийское командование настояло на том, чтобы русские войска под командованием Суворова направились в Швейцарию на помощь союзной армии под командованием русского генерала Римского-Корсакова и австрийского генерала Готце, а затем, соединившись, вторглись бы во Францию. Австрийская армия фельдмаршала Меласа в Италии должна была овладеть французскими крепостями, а потом также идти во Францию. Армия эрцгерцога Карла должна была двигаться на Нижний Рейн для соединения с высадившейся в Голландии англо-русской армией герцога Йоркского, а затем вторгнуться во Францию с востока. Однако все эти планы полностью провалились.
В Швейцарии французская армия генерала Массены, насчитывавшая 45 тысяч человек, в мае 1799 года вынуждена была отступить к Цюриху, преследуемая 50-тысячной австрийской армией эрцгерцога Карла и генерала Фридриха Готце. 7 июля французам пришлось оставить Цюрих. Затем Массене удалось потеснить неприятеля, и 14 августа он атаковал Цюрих, но неудачно. Часть австрийских войск из Швейцарии была переброшена с армией эрцгерцога Карла к Майнцу для похода в Нидерланды. Оставшийся 20-тысячный русско-австрийский корпус под командованием Римского-Корсакова был наголову разбит Массеной 25 сентября 1799 года у Цюриха. Генерал Готце в этом сражении погиб. Русские и австрийцы потеряли 8 тысяч убитыми, ранеными и пленными и 100 орудий, потери французов не превышали 4 тысяч человек.
8-тысячный отряд французского генерала Лекурба смог удержать перевал Сен-Готард против 20-тысячной армии Суворова до тех пор, пока Массена не разбил Римского-Корсакова. Сбивший в конце концов французов с Сен-Готарда, Суворов оказался в очень опасном положении против вдвое превосходящей неприятельской армии. Однако русский полководец смог нанести ряд поражений отдельным французским отрядам и пробиться в Италию, выйдя 7 октября к городу Иланц. Он потерял при этом только 5 тысяч из 20 тысяч своих солдат. За успехи в Италии и Швейцарии Суворов был удостоен звания генералиссимуса, однако в целом швейцарская кампания была союзниками проиграна.
Неудачно для коалиции сложилась и экспедиция в Голландию, хотя сначала ее ожидал большой успех. 30 августа 1799 года голландский флот сдался британской эскадре. 16 сентября у Бергена сошлись 35-тысячная англо-русская армия герцога Йоркского и 22- тысячная франко-голландская армия под командованием французского генерала Гийома Мари Анна Брюна. Французские потери составили 3 тысячи человек, а потери союзников — 4 тысячи. Второе сражение у Бергена произошло 2 октября. На этот раз обе стороны потеряли по 2 тысячи солдат и офицеров, и союзникам удалось потеснить французов и голландцев. Однако следующее сражение при Кастрикуме 6 октября закончилось победой получивших подкрепление французов. Союзники потеряли 3,5 тысячи, а франко-голландская армия — 2,5 тысячи человек.