В 7 часов утра австрийцы начали основную атаку на своем правом фланге и заняли деревню Адерклаа, накануне покинутую корпусом Бернадота. Тот пытался контратаковать, но попал под перекрестный огонь и отступил с большими потерями. В 10 часов австрийцы сбили с позиции дивизию генерала Ж. Буде и были уже близки к тому, чтобы отрезать противника от переправ.
Наполеон тем временем сосредоточил в центре ударный 45-тысячный корпус с 104 орудиями под командованием Макдональда. Его поддерживали кирасиры и гвардейская кавалерия. В час дня Даву взял Нейзидельские высоты. Увидев французский флаг на Нейзидельской башне, Наполеон приказал Макдональду перейти в наступление. Однако эта атака была отражена с большими потерями. Но поражения австрийцев на обоих флангах предопределили исход сражения.
Потеряв Ваграм и Нейзидель и опасаясь новой атаки в центре, Карл начал отступление. В 4 часа вечера к месту боя подошла армия Иоанна, но, увидев общее отступление австрийских войск, повернула обратно. В битве при Ваграме каждая из сторон потеряла по 25 тысяч человек убитыми, ранеными и пленными. Французы лишились 12 знамен и 11 орудий, австрийцы — одного знамени и 9 орудий.
Ваграмское поражение вынудило Австрию подписать 14 октября 1809 года Шенбруннский мирный договор. Она вынуждена была, по требованию Наполеона, уступить России Тарнопольский уезд в Галиции, основную же часть этой провинции отдать союзному Франции Варшавскому герцогству; присоединиться к континентальной блокаде, уплатить большую контрибуцию и сократить свою армию до 150 тысяч человек.
После неудачи, постигшей Австрию, Александр I, сознавая гибельные последствия для России континентальной блокады и необходимость сокрушить Наполеона, попытался осенью 1811 года склонить к совместному выступлению против Франции прусского короля Фридриха Вильгельма III. 17 октября уже была подписана конвенция о военном союзе, согласно которой 200-тысячная русская и 80-тысячная прусская армии должны были дойти до Вислы раньше, чем там укрепятся французские войска. Русский император уже отдал распоряжение о сосредоточении 5 корпусов на западной границе. Однако прусский король в последний момент испугался новой войны с «врагом рода человечества», отказался ратифицировать конвенцию, а потом даже вступил в союз с Наполеоном. По этому поводу Александр написал Фридриху Вильгельму 1 марта 1812 года: «Лучше все-таки славный конец, чем жизнь в рабстве!»
Наполеон не знал о плане нападения на него, составлявшегося осенью 1811 года, но не сомневался, что для утверждения своего господства на континенте и создания эффективной блокады против Англии необходимо сокрушить Россию, сделав ее послушным сателитом, вроде Австрии или Пруссии. И лето 1812 года французский император счел самым подходящим временем для вторжения на русскую территорию.
12 июня 1812 года Наполеон во главе 448-тысячной Великой армии перешел Неман и вторгся в пределы России. Позднее, вплоть до ноября 1812 года, к ней присоединились еще 199 тысяч человек, включая прусский и австрийский вспомогательные корпуса. Собственно французов в составе Великой армии было чуть менее половины, а из союзников французским войскам по боеспособности не уступал лишь польский корпус военного министра Варшавского герцогства князя Юзефа Понятовского. Неплохо сражались также итальянцы из корпуса Евгения Богарне. Ненадежны были войска из немецких княжеств. Австрийцы и пруссаки также не слишком усердствовали в войне против вчерашнего союзника.
Первоначально 448 тысячам французских и союзных с ними войск противостояло 317 тысяч русских солдат и офицеров, разделенных на три армии и три отдельных корпуса. Все они были рассредоточены на большом пространстве, что давало главным силам Наполеона, двигавшимся компактно, еще более значительный численный перевес. 1-я Западная армия во главе с военным министром генералом М.Б. Барклаем-де-Толли насчитывала 120 тысяч человек при 550 орудиях и располагалась между Вильно и верхним течением Немана. Во 2-й Западной армии под командованием генерала Багратиона было 45 тысяч солдат и 200 орудий. Она располагалась к югу от 1-й армии и прикрывала дорогу на Москву и Киев. 3-я Западная армия генерала А.П. Тормасова имела 45 тысяч солдат при 170 орудиях и стояла на Волыни, в 200 км к югу от армии Багратиона. Кроме того, под Ригой находился 38-тысячный корпус генерала И.Н. Эссена, у Торопца — 27-тысячный 1-й резервный корпус генерала Е.И. Меллера-Закомельского, а у Мозыря — 2-й резервный корпус генерала Ф.Ф. Эртеля численностью в 37,5 тысячи человек.
Фланги развертывания русских войск на Западе прикрывали 19-тысячный корпус генерала Ф.Ф. Штейнгейля в Финляндии и Дунайская армия адмирала П.В. Чичагова, насчитывавшая 57,5 тысяч человек. Войска Чичагова и Штейнгеля вступили в бой лишь на втором этапе кампании, уже после ухода неприятеля из Москвы, так что в начале кампании общий перевес на стороне Наполеона был почти двукратным.