13 июня русские войска, только что занявшие город Фридланд на восточном берегу реки Алле, готовились к переправе на ее западный берег, чтобы начать марш к столице Восточной Пруссии. В этот момент к расположению армии Беннигсена вышел 13-тысячный корпус Ланна, открывший по русским колоннам сильный артиллерийский огонь. Беннигсен ошибочно решил, что перед ним — главные силы Наполеона. На западный берег Алле была переправлена вся русская армия. Беннигсен начал атаку в 7 часов утра. К тому времени силы французов увеличились до 33 тысяч человек. Наполеон, получив донесение Ланна о местонахождении русских, стал перебрасывать к Фридланду всю свою армию. Невыгоды позиции Беннигсена заключались в том, что русские войска были сосредоточены в узкой лощине в излучине Алле и в случае неудачи должены были отступать только по одному мосту.
Русский арьергард был атакован французской кавалерией и пехотой, вышедшей из леса, но Александрийский гусарский полк и несколько русских батальонов быстро загнали неприятеля обратно в лес. К 9 часам силы сторон уравнялись, Ланн уже с трудом сдерживал русские атаки, когда в полдень к полю боя прибыл Наполеон. Он подкрепил корпуса Ланна и Мортье, оборонявшие деревню Герихсдорф и возвышенность Постенен. Император дожидался корпусов Нея и Виктора и гвардии, чтобы атаковать левый фланг русских и отрезать армию Беннигсена от моста через Алле.
В 5 часов вечера корпус Нея вышел из леса и под прикрытием 40-пушеч-ной батареи атаковал корпус Багратиона, после тяжелого боя опрокинув его. Осознав, наконец, опасность окружения, Беннигсен отдал приказ отступать. Но фридландский мост и наведенные понтонные переправы оказались под огнем французской артиллерии.
К 8 часам вечера Ней захватил Фридланд. Русские войска, отступая, подожгли переправы. Тем временем начали отступление правофланговые части русских под командованием генерала А И. Горчакова, но мосты уже были уничтожены. Им пришлось переходить реку по бродам под огнем неприятеля. В 9 часов вечера Ланн и Мортье сбросили части Горчакова в реку. Часть русских солдат погибла, часть была взята в плен.
Французы потеряли убитыми и ранеными 7 тысяч человек, русские — 15 тысяч убитых, раненых и пленных и почти всю артиллерию. Уцелевшие русские части были деморализованы и небоеспособны. Беннигсен настаивал на заключении перемирия.
22 июня Александр послал своего представителя с просьбой о прекращении боевых действий. 7 июля 1807 года в городе Тильзите вблизи русской границы был заключен мирный договор. Восточная Пруссия и отделенное от Пруссии герцогство Варшавское оставались под контролем французских войск. Россия вступала в союз с Францией и присоединялась к континентальной блокаде. Наполеон предоставил Александру свободу рук против Швеции, оставшейся союзником Англии.
В результате войны 1808–1809 годов русские войска нанесли шведам поражение. К России была присоединена Финляндия.
В мае 1808 года Наполеон заманил испанскую королевскую семью во французский город Байонна и арестовал ее. Император Франции провозгласил испанским королем своего брата Жозефа. Французские войска вторглись в Испанию. Наполеон рассчитывал на легкую военную прогулку, так как боеспособность испанской армии расценивал невысоко. Однако его маршалы не смогли ее уничтожить, хотя и нанесли испанцам ряд поражений. Испанские войска, пользуясь поддержкой местного населения, смогли восполнить потери и при помощи партизанских отрядов 23 июля вынудили к капитуляции окруженный у города Байлен в Андалузии 18-тысячный корпус французского генерала П. Дюпона. В августе в Португалии высадилась английская армия генерала Артура Уэлсли — будущего фельдмаршала герцога Веллингтона. Она изгнала из страны французский корпус генерала Ж.А. Жюно, который подписал в сентябре капитуляцию в Синтре. Французским солдатам было позволено вернуться на родину.
5 ноября 1808 года Наполеон вторгся в Испанию во главе 180-тысячной армии. В течение месяца он нанес тяжелые поражение испанским войскам, взял Мадрид и оттеснил Веллингтона в Португалию. 4 декабря французский император объявил программу реформ для Испании, отменявшую феодальные привилегии. Упразднялись внутренние таможни, ликвидировалась инквизиция. Но реформы, принесенные на штыках завоевателей, не встретили поддержки в Испании. После ухода из страны Наполеона с основной частью армии партизанская борьба («герилья») возобновилась.
В 1809 году папа римский, лишенный Наполеоном светской власти и помещенный под арест, специальной буллой отлучил французского императора от церкви. Для глубоко религиозных испанских крестьян борьба с армией Наполеона стала богоугодным делом, и они истребляли «слуг антихриста» — французов — особенно жестоко. На острове Святой Елены сосланный император жаловался: «В массе своей испанский народ дик, невежествен и жесток: в то время как я приказывал обращаться с пленниками… по-человечески, моих солдат убивали, обрекали на пытки и мученическую смерть». В действительности жестокости в ходе «герильи» совершали обе стороны.