В мае 1938 г. Зотова выдвигают на пост заместителя наркома пищевой промышленности. Время было нелегкое, немало сотрудников наркомата работало с оглядкой — как бы чего не вышло. Зотов не поддался настроению, ослабляющему волю, работал много, уверенно поддерживал тех, кто смело решал сложные вопросы. В январе 1939 г. Зотов назначается наркомом пищевой промышленности СССР. На XVIII съезде партии его избирают кандидатом в члены ЦК ВКП(б).
В годы войны Министерство пищевой промышленности переводит ряд крупных предприятий на изготовление концентратов, консервов, сухарей, махорки, чтобы обеспечить выполнение заказов Красной Армии. И надо сказать, что пищевая промышленность под руководством Зотова обеспечивала поставки продуктов питания фронтам наиболее пунктуально. После изгнания фашистских захватчиков Зотов принимает энергичные меры по восстановлению пищевых предприятий. Спокойный, рассудительный, Василий Петрович находил пути, чтобы как можно быстрее ввести в строй разрушенные фабрики и заводы.
В июле 1949 г. В. П. Зотова освобождают от поста министра. Причиной столь неожиданного поворота его служебной деятельности явилась недостача спирта, выявленная контрольными органами на спирто-водочных заводах Ульяновской и некоторых других областей.
Члены Бюро по пищевой промышленности были встревожены этим обстоятельством, но, зная Зотова как способного руководителя, надеялись, что решение об его освобождении будет пересмотрено. Но, к сожалению, этого не произошло.
В один из дней июля я докладывал А. И. Микояну вопросы, которые подлежали рассмотрению на очередном заседании бюро. Он чем-то явно был озабочен, торопливо просматривал бумаги, говорил мало, часто смотрел на часы. Вскоре он поднялся из-за стола и, сказав, что скоро вернется, вышел из кабинета. Минут через тридцать — сорок он вернулся в крайне возбужденном состоянии. Лицо было в красных пятнах. Заметив это, я попросил разрешения сходить за справками, но он меня задержал и продолжал молча ходить по кабинету. Несколько успокоившись, Анастас Иванович сказал, что между ним и Сталиным произошел неприятный разговор. Микоян доказывал, что освобождать Зотова не следует, в обвинении его много преувеличений, а имеющиеся упущения в работе он в состоянии устранить. На это Сталин ответил, что не только Зотов, но и он, Микоян, виновен в ослаблении контроля и должной требовательности к директорам заводов.
Вскоре Зотова назначили директором кондитерской фабрики «Красный Октябрь» в Москве. Здесь он также работал с полной отдачей сил и знаний, неустанно заботился об оснащении предприятия современными машинами и автоматами. Под его руководством «Красный Октябрь» вышел на первое место в стране по качеству и разнообразию выпускаемой продукции. Заложенная Зотовым высокая производственная культура на фабрике сохранилась до сих пор. Кондитерские изделия «Красного Октября» пользуются заслуженной популярностью и в нашей стране и за ее пределами.
Министром пищевой промышленности СССР был назначен автор этих строк. Производство для меня не было незнакомым делом, но технологию пищевой промышленности я не знал. Приходилось многое изучать: что ни главк, то новый вид продукции — сахар, чай, хлеб, кондитерские изделия, консервы, растительное масло, вино, спирт, соль, парфюмерия, табак, махорка. Работа в отрасли, отличающейся разнообразием технологии, захватила меня полностью. Я изучал и постигал новое с большим рвением.
В результате знакомства с положением дел на заводах, изготовляющих спирт, удалось установить, что на некоторых из них имели место хищения спирта и устраивались частые «дегустации» по вине администрации заводов, за что виновные понесли наказания. Не мог быть в стороне и министр, но столь строгая мера, как освобождение Зотова от поста министра, не вытекала из существа дела. Я могу только предполагать, что применение к Зотову столь строгой меры наказания преследовало цель повысить ответственность руководящих работников за состояние дел на подведомственных предприятиях. Это предположение в какой-то мере подтверждают слова Сталина, сказанные Микояну, что «не только Зотов, но и он, Микоян, виновен в ослаблении требовательности к директорам заводов».
Производство сахара всегда находилось в центре внимания работников пищевой промышленности, а после войны этот вопрос приобрел особую остроту. И это понятно, если учесть, что из 216 сахарных заводов, имевшихся до войны, 196 были полностью или частично разрушены. Выпуск сахара сократился по сравнению с 1940 г. в 15 раз. Проблема обеспечения населения сахаром не давала покоя всем, кто отвечал за обеспечение рынка товарами. Сдерживался выпуск кондитерских изделий, консервов, мороженого, безалкогольных напитков, и все по той же причине — не хватало сахара. А все вместе самым неблагоприятным образом отражалось на доходах государственного бюджета.