Начиная с 1979 года Советы, а затем Россия оказались вовлечены в три крупные войны вдоль линии разлома со своими мусульманскими соседями на юге: афганская война 1979–1989 годов, ее продолжение – война в Таджикистане, которая началась в 1992 году, и чеченская война, начавшаяся в 1994 году. С распадом Советского Союза в Таджикистане к власти пришло коммунистическое правительство. Весной 1992 года этому правительству бросила вызов оппозиция, состоявшая из соперничающих региональных и этнических групп, включая как сторонников светского государства, так и исламистов. Эта оппозиция, поддерживаемая оружием из Афганистана, в сентябре 1992 года изгнала пророссийское правительство из столицы страны Душанбе. Российское и узбекское правительства, предупреждая распространение исламского фундаментализма, ответили быстро и решительно. Российская 201-я мотострелковая дивизия, которая оставалась в Таджикистане, передала вооружение проправительственным войскам, и Россия развернула дополнительные войска для охраны границы с Афганистаном. В ноябре 1992 года Россия, Узбекистан, Казахстан и Кыргызстан согласились на ввод в Таджикистан российских и узбекских сил якобы в миротворческих целях, но на самом деле дали согласие на участие в войне. Заручившись такой поддержкой, обеспеченные российскими оружием и деньгами, войска бывшего правительства оказались в состоянии вернуть Душанбе и установить контроль над большей частью страны. Последовал процесс этнической чистки, и войска оппозиции и беженцы отступили в Афганистан.
Мусульманские правительства Ближнего Востока возражали против военного вмешательства России. Иран, Пакистан и Афганистан все в большей мере поддерживали исламистскую оппозицию деньгами и оружием, помогали ей в обучении солдат. По сообщениям прессы, в 1993 году многие тысячи боевиков прошли подготовку у афганских