Прологом к третьей антимусульманской войне России, на Северном Кавказе с чеченцами, послужили столкновения в 1992–1993 годах, произошедшие между православными осетинами и ингушами-мусульманами. Последние во время Второй мировой войны вместе с чеченцами и другими мусульманскими народами были депортированы в Среднюю Азию. Оставшиеся осетины захватили собственность ингушей. В 1956–1957 годах депортированным народам было разрешено вернуться, и начались раздоры из-за прав на собственность и из-за контроля над территорией. В ноябре 1992 года на Пригородный район, который Советское правительство передало осетинам и который ингуши хотели вернуть себе, начались нападения с территории Ингушской республики. Чтобы поддержать православных осетин, русские ответили массированным вторжением с участием в том числе и казачьих формирований. Как описывал один наблюдатель: «В ноябре 1992 года ингушские деревни в Осетии были окружены и обстреляны русскими танками. Те, кто выжил после обстрела, были убиты или уведены. Резня была проведена подразделениями осетинского ОМОНа [специальных полицейских частей], но российские войска, отправленные в регион «для поддержания мира», обеспечивали их прикрытие» [24]. Как сообщал «Экономист», «трудно представить, чтобы столь громадные разрушения имели место меньше чем за неделю». Это была «первая операция по этнической чистке в Российской Федерации». Затем Россия использовала конфликт, чтобы пригрозить союзникам ингушей, чеченцам, что, в свою очередь, «привело к немедленной мобилизации Чечни и [в подавляющем большинстве мусульманской] Конфедерации народов Кавказа (КНК). КНК угрожала послать 500 000 добровольцев против российских войск, если они не отступят с чеченской территории. После напряженного противостояния Москва отступила, чтобы избежать перерастания североосетино-ингушского конфликта в региональный пожар» [25].
Более напряженный и обширный пожар вспыхнул в декабре 1994 года, когда Россия предприняла полномасштабное военное наступление на Чечню. Лидеры двух православных республик, Грузии и Армении, поддержали действия России, в то время как украинский президент был «дипломатически вежлив и просто призвал к мирному урегулированию кризиса». Действия России также одобрили правительство православной Северной Осетии и 55–60 % народа Северной Осетии [26]. Наоборот, мусульмане в Российской Федерации и за ее пределами в подавляющем большинстве приняли сторону чеченцев. Исламский интернационал немедленно отправил в Чечню боевиков из Азербайджана, Афганистана, Пакистана, Судана и других районов. Мусульманские страны поддержали чеченцев, а Турция и Иран, как сообщалось, оказали им материальную помощь, что придало России дополнительные стимулы для попыток примириться с Ираном. Из Азербайджана в Российскую Федерацию начал поступать непрерывный поток вооружения для чеченцев, что заставило Россию закрыть свою границу с этой страной, таким образом, заодно отсекая возможность снабжения Чечни медикаментами и прочим.
Мусульмане в Российской Федерации поднялись в поддержку чеченцев. Хотя призывы ко всекавказской священной войне мусульман против России не дали результата, главы шести республик Волжско-Уральского региона потребовали от России прекратить военные действия, а представители мусульманских кавказских республик призвали к кампании гражданского неповиновения. Президент Чувашской республики освободил чувашских призывников от службы в частях, действующих против их собратьев-мусульман. «Наиболее мощные акции протеста против войны» имели место в двух соседних с Чечней республиках – Ингушетии и Дагестане. Ингуши нападали на российские войска во время движения последних к Чечне, что вызвало заявление российского министра обороны о том, что ингушское правительство «фактически объявило войну России»; нападения на российские войска происходили также и в Дагестане. Русские ответили обстрелами ингушских и дагестанских селений [28]. Враждебность дагестанцев по отношению к русским возросла еще больше, когда после чеченского рейда на город Кизляр в январе 1996 года русские разрушили деревню Первомайское.
Борьбе своего народа помогала чеченская диаспора, которая по большей части была порождена российской агрессией против горских народов Кавказа в девятнадцатом веке. Диаспора организовывала сбор финансовых средств, приобретала оружие и набирала добровольцев для чеченских войск. Диаспора была особенно многочисленна в Иордании и Турции, что вынудило Иорданию занять решительно антироссийскую позицию и укрепило готовность Турции оказывать помощь чеченцам. В январе 1996 года, когда война перекинулась в Турцию, турецкое общественное мнение благожелательно отнеслось к захвату членами диаспоры парома с российскими туристами. С помощью кавказских лидеров турецкое правительство договорилось о разрешении этого кризиса, причем таким образом, что эта договоренность еще больше ухудшила и без того натянутые отношения между Турцией и Россией.