Ревностного сторонника и помощника в этом последнем Вассиан получает в лице Максима Грека, с которым знакомится в том же Чудовом монастыре. И Вассиана, и Максима Грека поддерживает митрополит Варлаам, но в 1522 году митрополичий стол занимает иосифлянин Даниил, который в своем противоборстве с ними начинает опираться на великого князя. Именно в это время Василий III задумывает перемену государственного курса и связанную с ним женитьбу на княжне Глинской.
Категорические возражения Вассиана приводят к тому, что по приговору собора он ссылается в тот самый Иосифо-Волоколамский монастырь, с которым враждовал, и вскоре умирает в его стенах, как утверждали современники, «насильственной смертью». Ту же версию его кончины подтверждает и князь Андрей Курбский.
Тяготение знати к Симоновой обители оставалось постоянным. Именно здесь разыгралась трагедия касимовского царевича Симеона Бекбулатовича, принявшего православие и по прихоти Ивана Грозного венчанного в 1574 году на русское царство. Грозный сам оказывал ему царские почести, требовал того же и ото всех придворных.
Название свое обитель получила от одного из первых попечителей – инока Симона, в миру боярина Стефана Васильевича Ховры, пожертвовавшего монастырю собственную землю.
В документах, связанных с Москвой, имя боярина появляется в последнем десятилетии XIV века, сразу после Куликовской битвы. К Московскому князю переходит на службу грек Стефан Васильевич по прозвищу Ховра, Хомра или Комра. В отношении последнего существовали разночтения. Первый вариант имел русский перевод: ховра – свинья, неряха, ховрить – грязнить, неряшничать. Родословная книга и вовсе утверждала прозвище за сыном Стефана – Григорием. Григорий Стефанович был известен тем, что строил в Симоновом монастыре каменную соборную церковь Успения, одну из самых больших в Москве после кремлевских соборов. Строительство закончилось в 1405 году, и с того времени монастырь стал усыпальницей его рода.
Владимир Григорьевич пользовался отцовским (или дедовским) прозвищем как фамилией – Ховрин. Был он доверенным великоняжеским казначеем и располагал собственным двором в Кремле. От предков унаследовал Ховрин страсть к строительству, воздвиг каменную церковь в основанном им самим Крестовоздвиженском монастыре, там же совершил свой подвиг в битве с татарами.
Вторая каменная церковь была им сооружена на своем кремлевском дворе – у Спасских ворот, неподалеку от разобранного со временем Чудова монастыря. Помимо дома в Кремле И. Е. Забелин в «Материалах по истории Москвы» называет еще двор Ховрина на Подоле, у Боровицких ворот, перешедший затем к великим князьям. Потомки Григория Ховры располагали значительными земельными наделами. Число и размеры последних постоянно увеличивались, поскольку должность великокняжеского казначея переходила у Ховриных из поколения в поколение на протяжении XV–XVI веков.
Сын Владимира Ховрина Иван достиг при этой должности сана боярина. Прозвище Голова, данное ему, по словам легенд, за то, что был крестником великого князя, превратилось в фамилию для потомков. Головины сменили Ховриных, хотя память о последних и не стерлась. Владимиру Григорьевичу и Ивану Владимировичу Голове Москва и Кремль обязаны строительством Успенского собора. Они обеспечили организацию и финансирование этих работ.
Но Григорий Ховра, который со своей женой Агриппиной в Симонове «церковь большую каменную воздвигли и кельи многие поставили», не был первым крупным вкладчиком монастыря. Уже Дмитрий Донской на содержание обители дал «воды Еллинские и Лелюховские на Волге, близ Нижнего Новгорода, с озерами, песками и заводями», оборудованный соляной завод у Соли Галицкой с двумя солевыми колодцами и Медвежьи озера в Московском уезде. На земельные наделы не скупились ни старший сын Дмитрия Донского, Василий I, ни младший, который проживал здесь и скончался иноком.
Внимание к монастырю определялось помимо всего остального тем, что Симоновская возвышенность была очень удобна для обороны речного пути по реке Москве и сухопутного по Коломенской дороге, ведшей к Кремлю. Новый Симонов монастырь был настоящим военным фортом и на реке, и на дороге.
В половине XV века Симонов монастырь располагал уже значительными земельными владениями в Московском, Можайском, Ржевском, Белоозерском, Углицком, Костромском, Галицком, Нижегородском, Владимирском, Переславском и Муромском уездах. В них монастырь собирал рожь, овес, сено, горох. Он заводил доходные промыслы: соляные варницы у Соли Переславской, мельницы на реке Яузе и в других местах Московского уезда, рыбные ловли на Волге, в Ржевском уезде на озерах Сыроменце и Керегоще, на реке Селижарове. И все это богатейшее хозяйство освобождалось от княжеских промысловых налогов и торговых пошлин.
Рост доходов позволяет монастырю начать на своей территории заменять деревянные сооружения каменными. В 1485 году была построена Трапезная палата. Примерно в те же годы на вкладные деньги казначея Ивана III Владимира Ховрина возводятся церковь Преображения, «колокольница» и кирпичная ограда.