5 июня 1934 года Жданов впервые принял участие в торжественном приеме в Кремле. Чествовали участников арктической экспедиции ледокола «Челюскин». Летчики-полярники, спасшие участников экспедиции, были первыми в стране удостоены звания Героев Советского Союза.
Жданов был одним из инициаторов учреждения этой высшей награды и организатором мощнейшей информационной кампании, благодаря которой вся страна знала об экспедиции и следила за спасением челюскинцев.
Постепенно Жданов стал близким другом Сталина. Тот все чаще приглашал его на свою дачу. Тогда-то в загородном доме Сталина и появился рояль, а играл на нем чаще всего Жданов.
В 1949 году сын Жданова Юрий и дочь Сталина Светлана поженились. Этот брак продлился недолго, но в 1950 году у Жданова и Сталина родилась общая внучка Екатерина.
Кажущееся политическое спокойствие рухнуло вечером 1 декабря 1934 года, когда в Кремль позвонили из Ленинградского областного комитета партии. Сталин проводил совещание с Молотовым, Кагановичем, Ворошиловым и Ждановым. К аппарату подошел Каганович. Услышав сообщение, он побледнел. В коридоре Смольного выстрелом в затылок убит первый секретарь областного комитета Сергей Киров.
Партия не знала подобных убийств с августа 1918 года, когда в Москве было совершено покушение на Ленина, а в Петрограде был застрелен глава местных чекистов Урицкий.
Всю неделю после убийства Кирова Жданов ежедневно по многу часов проводил в кабинете Сталина. Тогда и было принято решение обрушить репрессии на оппозицию, а на место Кирова направить Андрея Жданова. 11 декабря Жданов уехал в Ленинград и, оставаясь в должности секретаря ЦК, стал главным человеком в городе на Неве.
Первым делом репрессии обрушились на оппозицию, которую возглавляли старые ленинские соратники Григорий Зиновьев и Лев Каменев. Через две недели после убийства они были арестованы и приговорены к тюремному заключению. В 1936 году оба были расстреляны.
В мае 1935 года в республиках, краях и областях были организованы «тройки» НКВД, в состав которых входили начальник Управления НКВД, начальник Управления милиции и областной прокурор. «Тройки» принимали решения о высылке, ссылке или заключении в лагерь сроком до пяти лет. В 1935 году из Ленинграда и Ленинградской области были выселены 39 660 человек, 24 374 человека были приговорены к различным наказаниям.
Но пройдет еще год, и репрессии примут гораздо больший размах. 25 сентября 1936 года со сталинской дачи в Сочи за подписью Сталина и Жданова в Политбюро была отправлена телеграмма: «Считаем абсолютно необходимым и срочным делом назначение товарища Ежова на пост наркомвнудела (НКВД). Ягода явным образом оказался не на высоте своей задачи в деле разоблачения троцкистско-зиновьевского блока».
С этой телеграммы принято вести отсчет Большого террора 1937–1938 годов. Коснулся он и Ленинграда, во главе которого стоял Андрей Жданов. Наравне с другими членами политбюро он завизировал несколько «расстрельных списков».
Надвигалась война с Германией. Жданова беспокоила судьба вверенного ему города – Ленинграда. Вход в Финский залив контролировался Финляндией и Эстонией. Ленинград находился настолько близко от границы с Финляндией, что мог быть обстрелян из пушек прямо с ее территории. В случае войны враг мог нанести удар по Ленинграду с моря, воздуха и суши, что привело бы к потере города, флота и всей ленинградской промышленности, а ведь Ленинград давал треть всей военной продукции страны. СССР потерял бы и выходы к Мурманску – единственному незамерзающему порту на севере.