К декабрю 1941 года город остался без отопления. Сильные морозы уничтожили водоснабжение. Без воды остались хлебозаводы. Теперь жителям вместо скудного пайка стали выдавать горсть муки.
В первый же день, когда вместо хлеба блокадникам выдали муку, Жданов вызвал начальника химико-технологического отдела Всесоюзного НИИ витаминной промышленности Беззубова и начальника хлебопекарной промышленности Смирнова. В кабинете Жданова на подоконнике лежал автомат.
Неожиданный выход нашел адмирал Балтийского флота Владимир Трибуц. На Неве, вмерзшие в лед, стояли подводные лодки. Но река промерзла не до дна. Было решено сделать проруби и насосами подлодок качать воду, а затем по брезентовым шлангам подавать ее на хлебозаводы. Через пять часов после совещания у Жданова хлебозаводы выдали первый хлеб.
По инициативе Жданова была организована Комиссия по рассмотрению и реализации оборонных предложений и изобретений. Рассматривались и обсуждались любые предложения, способные принести малейшую пользу осажденному городу. Из подручных материалов изобреталось и создавалось все, что было возможно в условиях блокады: от витаминов из хвои до взрывчатки на основе глины.
Для защиты населения в городе соорудили свыше четырех тысяч бомбоубежищ, рассчитанных на 800 тысяч человек. Создавались санотряды для предотвращения эпидемий, более опасных, чем голод. За годы блокады в городе с неработающими водопроводом и канализацией не случилось ни одной вспышки массовых заболеваний.
Чтобы разобраться с множеством дел, у Жданова выработалась привычка раскладывать бумаги и документы в своем кабинете на полу, столах и креслах. Пытаясь сосредоточиться на наиболее насущных проблемах, он прогуливался по кабинету от одной кипы к другой, убирая бумаги по мере решения вопросов. Он оставался в Ленинграде до самого конца блокады.
Блокадная жизнь сказывалось и на других руководителях города, работавших по 20 часов в сутки. Как и фронтовые командиры, они получали военный паек: 400 граммов хлеба, миску мясного или рыбного супа и по возможности немного каши. К чаю давали один-два куска сахара. За три года блокады Жданов перенес на ногах два инфаркта, не прекращая поездки на предприятия и фронт.
9 августа 1942 года в Большом зале Ленинградской филармонии состоялась премьера Седьмой симфонии Дмитрия Шостаковича. Несмотря на угрозу бомбежки, в филармонии зажгли все люстры, а зал был полон. Этот факт широко известен, но мало кто знает, что именно Жданов поручил своему пилоту вместе с медикаментами доставить партитуру симфонии из Куйбышева, где жил в эвакуации Шостакович.
Ленинградская блокада была полностью снята лишь 14 января 1944 года. По разным оценкам, за время блокады погибло полтора миллиона человек. 97 % из них умерли от голода.
19 сентября 1944 года в Москве именно Жданову было поручено подписать соглашение о перемирии с Финляндией. Согласно этому документу, финны отводили свои войска за линию границы 1940 года, освобождали всех военнопленных, предоставляли Советскому Союзу все аэродромы и военно-морскую базу, выплачивали контрибуцию в 300 миллионов долларов.
В счет выплаты этой контрибуции в СССР поступило 340 тысяч вагонов различных грузов и 514 судов, построенных на финских верфях. Если сцепить все эти поезда вместе, то длина эшелона составила бы три с половиной тысячи километров. В частной беседе Жданов как-то сказал, что половину погибших в блокаду ленинградцев относит на счет финской агрессии.