В том же октябре 1978 года началась крайне странная операция по передаче рисунков Филонова из постоянного фонда хранения рисунков во временный. По акту от 23 апреля 1979 года, утвержденному замдиректора по пропаганде (тогда и. о. директора) ГРМ, они были переданы. Странность манипуляции заключалась не только в том, что рисунки передавались с постоянного хранения на временное, но и в том, как это было сделано. Работы были переданы без необходимой в таких случаях поименной нумерации и не зарегистрированы поименно в книге поступлений отдела учета. Их передали списком, указав только общее число — 244. Так, списком, они лежали два года и девять месяцев. Не будем искать здесь тайный смысл, но скажем, что сие означает. Сама передача рисунков с ПП на ВХ означала более легкий доступ определенного круга сотрудников музея (и не только) к незадокументированным произведениям искусства, а передача их списком давала возможность манипулировать ими. При этом правом допускать или не допускать кого-либо к незаинвентаризованной коллекции рисунков Филонова обладали директор и замдиректора ГРМ по науке, а они, как знаем из рассказа Евгении Николаевны Петровой, не подпускали к ней никого.
В 1981 году прошла нашумевшая выставка "Москва — Париж", где работы Филонова привлекли к себе всеобщее внимание. Интерес к творчеству мастера в мире начал расти, и актуальность скорейшей научной каталогизации филоновского фонда стала очевидной. И вот 29 декабря 1982 года на производственном совещании отдела рисунка XVIII — начала XX века сотрудники отдела в присутствии директора музея Л. И. Новожиловой подняли этот вопрос, предложив подключить к инвентаризации ведущих специалистов музея Е. Ф. Ковтуна и Е. Н. Селизарову. Новожилова поначалу согласилась, но потом последовал ее устный приказ: специалистов в филоновский фонд не пускать.
А накануне имел место такой эпизод. Вышедшая из декретного отпуска хранитель фонда рисунка на свой страх и риск показала Селизаровой две коробки с рисунками Филонова. Перебирая их, Елена Николаевна вдруг обратила внимание на то, что среди массы добротных работ есть несколько откровенно плохих. Острый глаз специалиста не мог их не заметить. Она подумала: "Смотри-ка, и у Филонова могут быть слабые вещи". Значение этой мысли Селизарова оценит позже[44]
.16 июня 1984 года на производственном совещании того же отдела вновь был поставлен вопрос о допуске специалистов в отдел советской графики для работы с рисунками Филонова, Итог был тот же. Поэтому, когда в марте 1985 года обнаружились филоновские двойники, ранее опубликованные в журнале Cahiers, секретарю парторганизации Е. Н. Петровой и Е. Ф, Ковтуну, чтобы получить доступ к закрытой коллекции рисунков Филонова, пришлось пойти на хитрость. Была создана партийная комиссия. И лишь по окончании ее работы, когда вскрылся факт подлога и запахло грандиозным скандалом, перед уходом на пенсию Л. И. Новожилова издала приказ об инвентаризации фонда рисунков Филонова и о создании второй комиссии, куда были включены ведущие специалисты музея Селизарова и Ковтун.
Но странные отношения сложились у бывшего секретаря райкома не только с Ковтуном и Селизаровой. Еще болезненней директор реагировала на попытки ознакомиться с фондом Филонова главного хранителя Русского музея Г. А. Поликарповой. Под любыми предлогами она старалась ее туда не пускать. Всякий, кто знаком с музейной работой, знает, что главный хранитель имеет равные права с директором в отношении музейных коллекций. Попытка отстранить главного хранителя от той или другой коллекции есть не что иное, как нонсенс и произвол. Это вызывало у Поликарповой протесты в виде жалоб, докладных и служебных записок на имя начальника Управления изобразительных искусств и охраны памятников Министерства культуры РСФСР. Но все было безрезультатно. Волей директора фонд рисунков Филонова был объявлен закрытым, а его инвентаризация из-за отсутствия надлежащего приказа директора не проводилась долгие восемь лет. Однако, как позже выяснилось, закрыт этот фонд был далеко не для всех. С разрешения директора туда пускали некоторых сотрудников музея и даже людей со стороны. Так как все делалось по устному распоряжению директора, документальных свидетельств этого почти не осталось. И все же ряд любопытных фактов есть.
Для фильма Ильи Авербаха о Ленинградской блокаде с "закрытых" работ Филонова в начале 1980-х годов были выполнены две копии (точнее, два наброска). Режиссер умер, фильм не состоялся, а копии, одну из которых видели в реставрационной мастерской в присутствии музейного руководства члены посетившей Ленинград японской делегации, куда-то исчезли.