В начале шестидесятых годов Дейнекин летает на Ту-104 в Ленинградском объединенном авиаотряде гражданской авиации. Тогда военных летчиков посылали для летной практики в Аэрофлот. Кабины «туполевых» очень похожи, а налет за месяц у гражданских пилотов больше, чем у военных за год. Позже Петр Степанович возвращается в армию, заканчивает академию имени Ю.А. Гагарина. После ее окончания Дейнекина назначают командовать полком специального назначения, в котором в годы Великой Отечественной войны получили звания Героев Советского Союза двадцать девять человек — случай в истории вооруженных сил уникальный. Впоследствии Дейнекину довелось командовать полком, получившим дальние сверхзвуковые бомбардировщики-ракетоносцы Ту-22М2, названные американцами «бэкфайер». Когда они взлетали на форсаже, за ними метров на десять тянулось пламя — отсюда и такое название. Самолеты были страшно секретными. Даже принимать их летчики ездили в гражданской одежде. Однако на полтавском базаре о новых машинах судачили вовсю.
После сверхзвукового Ту-22 он командовал три года дивизией на Дальнем Востоке, затем, закончив академию Генерального штаба, освоил турбовинтовой Ту-95. На нем он летал на спецзадания в Тихий и Атлантические океаны. Его летчики отыскивали американские авианосцы, и нередко бывало, что во время учений летали они по маршруту Чкалова и Громова.
Дейнекин был седьмым летчиком в Советском Союзе кто освоил новый ракетоносец Ту-160. На нем он, будучи главкомом ВВС, возглавлял юбилейный воздушный парад в небе Москвы на 50‑летие Победы, 9 мая 1995 года. Вместе с ним в кабине самолета был полковник Анатолий Жихарев. В тот день впервые за последние десятилетия над Москвой были показаны возможности современной российской авиации. В тот день ему пришлось трижды выполнить полеты: с авиабазы Энгельс до Москвы, обратно до Энгельса и вновь вернуться в столицу.
Невосполнимый удар по всей нашей армии, ВВС и Дальней авиации нанес развал Советского Союза. Были заморожены и полностью прекращены программы развития нашей авиации, ее модернизация. Фактическая остановка создания новых самолетов, отток талантливой молодежи из оборонной промышленности привели к тому, что прервалась преемственность поколений. Изменились приоритеты не только в политике государства, но и в умах людей. Профессии летчика, инженера, конструктора так называемые реформы сделали малопривлекательными. Начался отток молодых людей за границу. Да и сами границы претерпели значительные изменения. То, что раньше было единой державой, в одночасье стало аморфным образованием под названием СНГ. Каждая республика взяла суверенитета столько, сколько могла проглотить. Появились независимые, самостоятельные государства, которые взяли под свой контроль всю военную инфраструктуру, боевую технику, находящуюся на тот момент на ее территории. Военным было предложено самим выбирать себе место службы.
По Лиссабонскому соглашению Украине запрещалось иметь стратегические ядерные силы. Но передислокацию самолетов в Рязань и Энгельс командир дивизии Стратегической авиации генерал-майор Михаил Башкиров саботировал. Он принял украинскую присягу и, выслуживаясь перед националистами, сделал так, чтобы самолеты не смогли подняться в воздух. Вскоре в Полтаву прилетел главком ВВС России Дейнекин.
В советские времена на западе Советского Союза были собраны лучшие самолеты нашей авиации. Двести самолетов Ил‑76, двадцать воздушных топливозаправщиков Ил-78, двадцать стратегических бомбардировщиков Ту-95МС и столько же стратегических ракетоносцев Ту-160 с крылатыми ракетами Х-55 и ядерными зарядами к ним. Разговаривая перед телекамерами со своим бывшим командиром, генерал Башкиров демонстрировал свою незалежность, несмотря на распоряжение главкома, он отказался собрать в клубе боевых летчиков. Когда Башкиров под прицелами нескольких телекамер попытался воспрепятствовать встрече, Дейнекин публично и жестко указал своему бывшему подчиненному на дверь. Конечно, хорошего в этом было мало, такого на телеэкранах страны еще не было: один генерал выгонял из зала другого. Но уже тогда многим стало ясно, что такого аморфного образования, как СНГ, просто не существует. Своим поведением Башкиров давал понять, что у него теперь другие хозяева-паны. А что до прошлой совместной истории, совместной службы, совместных потерь и обретений, то ему на то было глубоко наплевать. Не понимал он одного, что пройдет немного время, и уже наплюют на него…