Со времени кардинального расхождения с властями Саудовской Аравии Усама стал с недоверием относиться к любой официальной власти, воспринимая легитимные правительства как враждебную субстанцию, которая вместо справедливости блюдет выгоды ее главных представителей. Поэтому, потеряв поддержку саудовской власти, он очень скоро приступил к созданию собственной опоры – в виде сети подчиненных или лояльных специфических организаций, способных действовать без учета государственных границ, международных правил или каких-либо национальных ограничений. Еще во время войны в Афганистане он осознал силу и возможности организации, не только объединяющей разрозненных и дезориентированных людей, но и часто выступающей символом, знаменем определенной идеологии. И хотя объединение боевиков под крышей с экзотическим названием «Аль-Каида» (в переводе с арабского «Крепкая основа – будущее общество») состоялось еще до вывода советских войск из Афганистана, только после изгнания из родной страны Усама занялся приданием этой организации нового блеска. С самого начала Усама бен Ладен, объединивший свои цели с задачами лидеров группировок моджахедов, играл в организации роль идеолога-вдохновителя. Зная воинственные настроения в среде моджахедов, их готовность продолжать вооруженную борьбу, Усама бен Ладен начал последовательно формировать четкую политику салафистского джихада против мусульманских правительств – партнеров Запада, а потом и против самого Запада, олицетворением которого стали США. На руку Усаме оказался тот факт, что многие руководители «Аль-Каиды» египетского происхождения на тот момент находились в розыске у себя на родине за участие в убийстве президента Садата. Он ловко сыграл на этом, поддержав в начальный период развития «Аль-Каиды» организацию терактов в отношении высокопоставленных египетских чиновников. Но, по всей видимости, Усама уже тогда начал осторожно расширять сферу применения нового оружия, потому что результаты расследований нападений на американских туристов, столкновения с миротворцами (в ходе которого погибли 18 американских солдат) и, наконец, взрыва во Всемирном торговом центре в Нью-Йорке в феврале 1993 года, странным образом указывали на Усаму бен Ладена.
Живя в Судане, бен Ладен производил впечатление делового человека, сосредоточенного на строительном бизнесе и производстве фармацевтических препаратов. Он даже принял суданское гражданство. Однако параллельно с его мирной деятельностью росло и количество актов насилия, которые неумолимо приписывались «Аль-Каиде». Усама бен Ладен упорно отрицал свою причастность к ним, но, скорее всего, это было связано с тем, что осторожный организатор насилия еще только разрабатывал свои смертоносные технологии. Кроме того, он не чувствовал себя полностью в безопасности, так как однажды уже обжегся в ставках на саудовскую власть. В этот период для него важнее всего было укрепить веру в силу нового оружия самих боевиков – исполнителей актов и создать окончательный облик организации с ее стратегией и понятными всем участникам принципами. Действительно, как считают специалисты, расчет бен Ладена вполне оправдал себя. Потому что если уход советских войск из Афганистана в 1989 году подтвердил возможность ведения успешной партизанской войны против могучей военной машины, то поражение американцев в Сомали в 1992 году окончательно укрепило боевиков в мысли, что в руках у них грозное и эффективное средство воздействия на все мировое сообщество.