Однако в наступлении немцев уже произошла роковая остановка. Бронетанковым войскам было приказано задержаться, пока не будут разгромлены окруженные русские войска. По первоначальному же плану они должны были двигаться без задержки за Минск, оставив позади лишь минимальное количество танков для оказания помощи полевым армиям по завершению окружения.
Тем не менее время было снова выиграно смелыми действиями Гудериана, пытавшегося, пока русские не успели перебросить подкрепления, переправиться через широкий Днепр не ожидая подхода 4-й полевой армии. Результаты оправдали его расчеты. Скрытно сосредоточив свои силы ночью, Гудериан организовал переправу в трех местах и под прикрытием дымовой завесы переправился 10 июля на противоположный берег Днепра, не встретив сопротивления со стороны русских. Затем он двинулся к Смоленску и вышел к нему 16 июля. К этому времени немецкие войска продвинулись в глубь русской территории более чем на 640 км и находились от Москвы всего лишь в 320 км. Чтобы осуществить такой глубокий прорыв, немцы должны были сохранять весьма высокие темпы наступления.
С прибытием Гота в район севернее Смоленска был предпринят новый маневр на окружение с целью отрезать крупные силы русских между Днепром и Десной, которые были обойдены при наступлении бронетанковых частей. Кольцо окружения почти замкнулось, но труднопроходимая местность и грязь затрудняли движение, и русским удалось вывести из окружения значительную часть войск. Все же в районе Смоленска немцами было захвачено в плен 180 тыс. русских.
Гудериан настаивал на необходимости оказывать на русских неослабевающее давление и не давать им возможности закрепиться на каком-либо рубеже. Он был убежден, что сможет дойти со своими танками до Москвы, если не будет потеряно время. Он считал, что непосредственный удар по жизненно важному центру страны парализовал бы сопротивление России. Гот разделял его взгляды, Бок также одобрил их.
Однако Гитлер решил, что пришло время выполнить его первоначальный замысел – захватить Ленинград и Украину, которые он считал первыми объектами. Ставя эти объекты по сравнению с Москвой на первое место, он имел в виду не только их экономическое и политическое значение, как думало большинство его критиков из среды генералов. Казалось, он хотел повторить Канны, но в большем масштабе. Он считал, что опасность, нависшая над Москвой, привлечет к этому участку фронта русские резервы, облегчая тем самым задачу северному и южному крыльям немецкой армии захватить стратегические объекты на флангах России – Ленинград и Украину. Гитлер рассчитывал, что с этих фланговых позиций его войска начнут наступление по сходящимся направлениям на Москву, которая, подобно спелой груше, упадет им прямо в руки Это был коварный и грандиозный замысел. Однако осуществить этот замысел помешал фактор времени, так как сопротивление русских оказалось упорнее и погода была хуже, чем предполагалось. К тому же между гитлеровскими генералами начались разногласия. Совершенно естественно, что каждый из них стремился сосредоточить основные силы на своем участке и добивался для него приоритета. Эта тенденция указывала на опасность очень крупных разногласий по стратегическим вопросам, которые появились на втором этапе реализации замыслов Гитлера.
19 июля Гитлер дал директиву приступить ко второму этапу наступления, которое следовало начать сразу же, как только будут закончены операции по ликвидации противника в районе между Днепром и Десной. Согласно этой директиве, часть подвижных войск Бока должна была следовать на юг, чтобы помочь Рундштедту уничтожить противостоящие ему русские армии, в то время как другая часть должна была повернуть на север с целью нарушить коммуникации между Ленинградом и Москвой и тем самым оказать помощь Леебу в наступлении на Ленинград. В распоряжении Бока оставались бы только полевые армии, с которыми он должен был попытаться продолжать фронтальное наступление на Москву.
Браухич снова проявил нерешительность, вместо того чтобы настаивать на изменении плана Гитлера. Он доказывал, что до начала новых операций бронетанковым войскам нужно предоставить время для ремонта машин и получения пополнений. Гитлер согласился с необходимостью такой передышки. Тем временем в высших кругах немецкого командования шли споры о том, какой следует избрать курс, и споры продолжались даже после того, как бронетанковые войска возобновили наступление. 21 августа 1941 г., отклонив доводы Браухича и Гальдера, которые требовали наступать на московском направлении, Гитлер издал новую директиву. В основном она мало чем отличалась от директивы, которую Гитлер отдал месяц назад, хотя в ней делался уже меньший упор на Ленинград и больший на окружение и уничтожение русских войск в районе Киева, перед фронтом Рундштедта. После проведения этой операции Боку разрешалось возобновить наступление на Москву, а Рундштедт должен был наступать в южном направлении с целью отрезать промышленные районы России от источников снабжения кавказской нефтью.