Более десяти лет фонд занимался собиранием, хранением и распределением национализированных произведений искусства. Сотрудники фонда вывозили национальное достояние из разоренных усадеб, дворцов, квартир, церквей, монастырей. В революционные дни бывшие дома аристократии, зачастую вместе с их содержимым, были превращены в хранилища ГМФ. В Москве для этого использовали особняки В. О. Гиршмана у Красных ворот (Мясницкий проезд, 6), В. П. Берга на Арбате (ныне Театр им. Вахтангова), фон Дервиза-Зубалова на Садовой-Черногрязской, А. В. Морозова в Введенском переулке (сейчас Подсосенский, 21), а также Английский клуб на Тверской (в советское время Музей революции, ныне Музей современной истории России) и др. В Ленинграде главное хранилище ГМФ находилось в Ново-Михайловском дворце, но использовали и помещения Эрмитажа, Русского музея и бывшие частные особняки. К началу 1920‐х годов у ГМФ в Москве осталось всего несколько хранилищ: Центральное хранилище в бывшем доме Зубалова на Садовой-Черногрязской, 6; хранилище № 2 в бывшем Английском клубе, хранилище № 3 в бывшем Строгановском училище, а также хранилище в Новодевичьем монастыре, куда в процессе ликвидации московского отделения ГМФ перевезли иконное собрание и где устроили склад госфондовского немузейного имущества Главнауки. В 1923–1924 годах хранилища в Английском клубе и Строгановском училище были закрыты, их содержимое, в том числе иконы, поступило на Садовую-Черногрязскую. Через центральное хранилище в Москве в общей сложности, согласно его отчету, прошло около 140 тысяч предметов.
История Центрального хранилища ГМФ в бывшем доме Зубалова, где до лета 1927 года находился основной фонд икон, знаменательна. Владелец дома
Зубалов обещал создать для привезенных коллекций равные условия хранения с собственным зубаловским собранием. По его словам, он хотел «послужить делу собирательства и сбережения памятников родного искусства». Так дом Зубалова стал филиалом Румянцевского музея. Бывший владелец работал в нем хранителем до 11 сентября 1919 года, когда по собственной просьбе и в связи с состоянием здоровья, получив благодарность, покинул этот пост. 1 января 1922 года Главнаука Наркомпроса ликвидировала филиальное отделение Румянцевского музея в доме Зубалова и передала здание Государственному музейному фонду.
Центральное хранилище в бывшем доме Зубалова не было лишь складским помещением. Оно выполняло функции и музея, и библиотеки, и архива, и научно-исследовательского центра. В особняке Зубалова работал открытый для публики Показательный музей. В хранилище приходили искусствоведы, экскурсоводы, реставраторы Москвы собирать материал для своей работы, а киностудия и театры на время брали вещи для съемок и постановок. Так, на Садовой-Черногрязской работал реставратор Чириков; сотрудники музеев искали материалы в связи с реставрационными работами в Кремле; на Садовую-Черногрязскую приходил искусствовед
В первые революционные годы учет произведений искусства в ГМФ вели по мере поступления по собраниям, бывшим владельцам и бывшим местам нахождения. Со временем, видимо в 1924 году, эклектичные коллекции, поступившие в фонд, были расформированы и составлявшие их предметы распределены по специализированным отделам ГМФ: прикладное искусство, живопись и скульптура, металл и бронза, мебель и т. д. Так произошло обезличивание собраний. Основная масса национализированных икон сосредоточилась в отделе III (иконопись) в Москве и в отделе церковного имущества ГМФ в Ленинграде.