Знакомство с инвентарными книгами московского и ленинградского отделений Государственного музейного фонда позволяет предположить, что иконный фонд, сосредоточенный в древней купеческой Москве, был более обширным и исторически и художественно более ценным. Разумеется, это не значит, что в ленинградских хранилищах не было ценных икон, однако самые прославленные частные иконные коллекции попали в московские хранилища. Там оказались собрания Рябушинского, Морозова, Зубалова, часть коллекции
В результате в Москве в ГМФ было создано специализированное отделение иконописи, где по атрибуции того времени находились сотни старых икон, в то время как в ленинградском отделении церковного имущества ГМФ преобладали иконы более позднего времени, которые к тому же не были отделены и хранились вместе с церковным облачением, утварью, евангелиями, металлическими образками, крестами и пр. По сути, в московском отделении ГМФ икона получила признание как произведение искусства, тогда как в ленинградском она фактически оставалась предметом культа.
Московский музейный фонд икон был огромен. Отчеты ГМФ свидетельствуют, что в Центральное хранилище ГМФ в Москве, куда к концу 1920‐х годов свезли все иконное имущество московского отделения, в общей сложности поступило 3817 икон. На деле, однако, икон было больше. Есть основания полагать, что иконы продолжали поступать в иконный отдел и во время ликвидации московского отделения ГМФ и не были внесены в его инвентарную книгу. В ленинградском отделении ГМФ, в отличие от Москвы, отдельной специализированной описи на иконы не было. Сотрудники вели суммарный учет всех предметов церковного имущества. За период 1922–1928 годов было заинвентаризировано 3182 предмета. Точных данных о том, сколько среди них было икон, нет. Просмотр инвентарных книг свидетельствует, что иконы исчислялись сотнями, но их оказалось значительно меньше, чем в московском отделении.
По точному определению Грабаря, Государственный музейный фонд был «обширным резервуаром для непрерывного пополнения старых музеев и организации новых». Выдачи произведений искусства из ГМФ в советские центральные и провинциальные музеи происходили на всем протяжении 1920‐х годов, но вплоть до принятия решения о ликвидации ГМФ в 1927 году они не имели массового характера. Наряду с выдачами в музеи задолго до массового экспорта произведений искусства началась и продажа. Этим занимались как собственный антикварный магазин Главнауки Наркомпроса на ул. Герцена, 17, так и аукционные залы, например «Прага» на Арбатской площади, и частные антикварные магазины. В 1920‐е годы практиковалась и оплата работы сотрудников хранилищ ГМФ его художественными ценностями, главным образом изделиями из драгоценных металлов. Их легче было продать на рынке. Газеты «Рабочая Москва» и «Рабочая газета» в 1928 году даже обвинили Главнауку «в спекуляции» и «распродаже дворцов». В течение 1924 и 1925 годов из Центрального хранилища ГМФ было выдано на продажу 5037 «отдельных номеров вещей и 9 ящиков с серебром». Деньги от продажи поступали на счет хранилища. Аналогичная практика существовала и в Ленинграде.