Но когда начался абордажный бой, преимущество христиан в численности и вооружение дало о себе знать, и победа их на левом фланге к 12 ч. 13 мин. уже была очевидна. В этом бою был смертельно ранен Барбариго.
В центре же к этому времени бой шел в полном разгаре. Особенно жарко было вокруг галер главнокомандующих и их соседей. Здесь у турок были их лучшие галеры и большая часть их лучших войск - янычар. Абордажные партии то врывались на галеру дон-Жуана, то на галеру Заде-Али. Столпившиеся вокруг них галеры составили как бы один помост, по которому подходили свежие войска то с одной, то с другой стороны. В конце концов и здесь христиане одержали верх. Заде-Али был убит (или-покончил с собой, видя, что христиане одолевают). Сопротивление турок слабело, и одну за другой их галеры захватывали союзники.
Победа, казалось, была уже в руках христиан. Но тут, около полудня, Улуг-Али, внезапно повернув с большей частью своего крыла, обрушился на правый фланг центра союзников и совершенно его смял. Но в это время христиане захватили галеру Заде-Али, и дон-Жуан устремился на помощь к атакованному флангу. Туда же спешил и маркиз Круц с резервом, а с тыла к галерам Улуг-Али приближался Дориа. В такой ситуации Улуг-Али, поняв безнадежность своего положения, вынужден был бежать. Всего с 13 судами он смог уйти в море. Еще 35 турецких судов сумели прорваться к Лепанто.
Победа союзников была полная. 15 мусульманских галер было потоплено, 190 взято в плен, 12 тысяч христианских невольников освобождено. Потери союзников составили около 7,5 тысяч человек убитыми, не считая большого количества убитых гребцов, среди которых только на венецианских галерах было убито 2,5 тысячи человек.
Получив вести о победе у Лепанто, вся Европа пришла в ликование. Повсюду звонили колокола, сверкали фейерверки, знаменитые художники соревновались друг с другом , дабы запечатлеть оную викторию. Последующие четыре века историки будут считать, что победа под Лепанто «спасла христианский мир от порабощения турками».
Следует заметить, что мы не располагаем какими-то турецкими документами, рассказывая о сражении. Известно лишь, что в ноябре 1571 г. Улуг-Али вошел в Золотой Рог с флотом примерно из 80 судов, состоявшим наполовину из эскадры, с которой он бежал с места сражения. Другая же половина галер к этому времени стояла на якоре в различных портах Восточного Средиземноморья. По настоянию великого визиря Соколлу Улуг-Али был повышен в звании до главного адмирала -капудан-паши (вместо погибшего Заде-Али). Султан дал новому капудан-паше и новое имя - Кылыч, что значит «Меч». Затем вместе с ветераном Пиале-пашой и при поддержке Селима II, внесшего крупную сумму и пожертвовавшего часть своего сада под судоверфь, Кылыч-Али всю зиму строил новый флот взамен старого. Таким образом, к весне 1572 г., то есть немногим более, чем через 6 месяцев после сражения у Лепанто, новый флот в составе 250 вымпелов (в том числе 8 мощных галеасов) был уже готов к бою.
Весной 1572 г. Кылыч-Али появился в греческих водах. Союзники и в этот раз сильно запоздали с началом кампании, главным образом из-за того, что не могли сговориться относительно плана операций. Папа и дон-Жуан предлагали захватить Константинополь, а из Морей образовать королевство, королем которого сделать Дон-Хуана. Венеция тоже хотела завоевать Морею, но только для себя. Испания опять ставила вопрос об экспедиции против Алжира, а Филипп II, узнав о замыслах Дон-Хуана, удерживал его в Сицилии. В результате союзный флот стоял на месте, и только в конце июля Колонна, потеряв терпение, вышел с папской эскадрой из Мессины, перешел к Корфу, где соединился с венецианской эскадрой и направился к острову Цериго, чтобы принудить Кылыч-Али к бою.
У Колонны было 139 галер, 6 галеасов и 44 транспорта. Однако, несмотря на преимущество в численности, Кылыч-Али избегал решительного боя и утомлял противника маневрированием, пользуясь тем, что флот его состоял из более легких судов, в то время как галеасы сильно замедляли передвижения союзников. Кылыч-Али был вынужден прибегнуть к таким действиям потому, что флот его был плохо укомплектован личным составом и боеприпасами. Он поставил своей целью только защищать Эгейское море и выигрывать время, надеясь на раздоры союзников. Колонна же не решался продвигаться на восток без боя и оставить турок у себя в тылу. Утомленный безрезультатными маневрированиями, Колонна вернулся в Корфу, куда к началу сентября прибыл и Дон-Хуан с 53 галерами. Кылач-Али к этому времени перешел в Наварин и Метони.
9 сентября Дон-Хуан вышел в море, но в Наварине турок уже не застал -весь их флот был сосредоточен в Метони под защитой сильных батарей. В таких условиях, да еще под влиянием своих испанских советников, напасть на турок дон-Жуан не решался и ожидал в Наварине выхода турецкого флота до поздней осени, когда союзники опять разошлись по своим портам.