Если говорить о деятельности Карла Хаусхофера в рамках «Немецкой Академии», то надо подчеркнуть, что после 1933 года и эта структура стала заложницей так называемой «борьбы компетенций», которую вели между собой различные партийные и государственные инстанции. Рудольф Гесс по поручению Гитлера провозгласил 16 сентября 1933 года полную независимость «Немецкой Академии» от партии и правительства. Подобное решение было принято в отношении многих другим организаций, занимавшихся «народной политикой». Впрочем, на протяжении последующих нескольких лет стало понятно, что у национал-социалистов имелись собственные средства, чтобы подчинить общественную работу требованиям своего режима. Если говорить о «Немецкой Академии», то ее сугубо научная деятельность велась в нескольких направлениях: немецкая история, немецкий язык, литература и этнография, немецкая педагогика, музыка, изучение немецкой государственности и хозяйства. Практическое отделение специализировалось на осуществлении нескольких программ: пропаганда немецкого языка за рубежом, учебные языковые курсы, курсы повышения квалификации для иностранных преподавателей немецкого языка, снабжение немецкой литературой, выделение стипендий. Кроме того, в составе Академии имелось несколько комитетов, за которыми были закреплены отдельные страны: США, Индия, Южная Африка. По большому счету, структура «Немецкой Академии» нисколько не поменялась после того, как в 1933 году к власти пришли национал-социалисты. И по-прежнему Академия остро нуждалась в денежных средствах. Несмотря на то что в условиях диктатуры эту проблему можно было бы решить, заметного улучшения финансового положения «Немецкой Академии» не произошло. Как во времена Веймарской республики, так и в Третьем рейхе финансирование продолжало оставаться самой большой проблемой. Ситуацию не изменили даже многочисленные письма, которые Карл Хаусхофер направлял Рудольфу Гессу и Йозефу Геббельсу. Гесс оказывал поддержку только на словах. В конце концов, всего-навсего Имперское министерство иностранных дел стало выделять «Немецкой Академии» скромную субсидию. Когда Карл Хаусхофер сетовал, что Академия влачит нищенское существование, то он отнюдь не преувеличивал.
В 1938 году финансирование «Немецкой Академии» было увеличено с 300 тысяч до 400 тысяч рейхсмарок. Но даже этих средств явно не хватало на всю запланированную деятельность. Ситуация была настолько плачевной, что в 1935 году Хаусхофер думал распустить Академию. От принятия подобного решения его удержала лишь внезапно поступившая финансовая помощь, которая была найдена несколькими неутомимыми активистами. Впрочем, в 1933 году представители Академии (как и многие немцы) приветствовали приход к власти правительства Гитлера. Они полагали, что политическая унификация их не коснется, так как якобы «Немецкая Академия» всей своей прошлой деятельностью «доказала» свое служение делу нации. Когда было объявлено о ее независимости от партийных и государственных органов, то это решение было истолковано не совсем верно. В Академии посчитали, что это было признанием ее заслуг, а также ожидали, что это было доказательством полного соответствия организации духу «национальной революции». Подобного рода высказывания можно в какой-то степени интерпретировать как некий психологический защитный механизм, а отчасти как демонстрацию полного непонимания того, какие цели намереваются преследовать национал-социалистические власти. По большому счету, кроме Хаусхофера, ни у кого из сотрудников «Немецкой Академии» не было опыта общения с руководителями национал-социалистической партии. Да и сам профессор в своем общении ограничивался встречами с Гессом, а потому однобоко воспринимал гитлеровские установки. Однако в «Немецкой Академии» не могли не видеть, что национал-социалисты насильственно вмешивались в дела многих общественных организаций. Чтобы избежать подобного развития событий, было решено заблаговременно произвести изменения в составе Малого Совета и Сената Академии. В одном из писем, адресованных Хаусхоферу, предлагалось «возвысить людей нового времени». Во-первых, президентом Академии было решено сделать самого Карла Хаусхофера. Планировалось с выгодой использовать его дружбу с Гессом. Во-вторых, вынужденно-добровольно в отставку ушли все члены Малого Совета. В его новый состав пригласили известного националистического издателя Брукмана, Рудольфа Гесса и баварского министра-президента Зиберта. После этого была сформирована специальная комиссия, куда кроме Хаусхофера вошли Брукман и Кисскальт. Эта комиссия должна была заняться проверкой списков сенаторов «Немецкой Академии». На самом деле подобная «чистка» полностью противоречила § 10 Устава «Немецкой Академии», в котором говорилось, что сенаторы избирались пожизненно. Однако в условиях «национальной революции» едва ли кто-то планировал подавать в суд. В итоге из Сената Академии под различными предлогами оказались выведены Конрад Аденауэр, Томас Манн, Эдмунд Гуссерль, Макс Либерман, Адам Штегервальд.