1935 год прошел для «Немецкой Академии» под знаком назревавшего внутреннего конфликта, который вырвался наружу в 1936 году, приведя к тяжелым и во многом непредвиденным последствиям. В данном случае не стоит преувеличивать политическую составляющую конфронтации, в значительной мере она была вызвана личными мотивами, равно как и различным пониманием служебных обязанностей. Скорее всего, президент, генеральный секретарь и директор «Немецкой Академии» придерживались каких-то собственных трактовок относительно полномочий, что неизбежно вело к увеличению дистанции между ними. Отношения в итоге оказались настолько натянутыми, что некоторые из противников Хаусхофера едва ли не открыто стали требовать его отставки с поста президента Академии. Как результат уже в самой «Немецкой Академии» против Хаусхофера началась хитрая тактическая игра. Наверное, нет никакой необходимости детально разбирать обвинения и интриги, которые плелись вокруг профессора геополитики. Сам же Хаусхофер назвал их «внутренней штабной войной» или «землетрясением психической формы». Впрочем, нельзя не отметить, что именно в указанное время он также испытывал неприятности в «Фольксдойче Совете» и «Объединении зарубежных немцев». Интриги прекратились только в 1937 году, когда президентом «Немецкой Академии» был избран профессор Кёльбль, а новым генеральным секретарем был назначен д-р Фохлер-Хауке. По сути, было сменено всё руководство «Немецкой Академии». Новые люди, в отличие от своих предшественников, уже не проявляли непомерных амбиций.
Если говорить о ставшем судьбоносным для «Немецкой Академии» конфликте, то он достиг своей высшей точки, когда Карл Хаусхофер обвинил генерального секретаря Тирфельдера в самовластии, которое шло отнюдь не на пользу общему делу. Поскольку полномочия директора, генерального секретаря и президента не были ясно очерчены, то Хаусхофер предложил провести реорганизацию управления «Немецкой Академии», внедрив «фюрер-принцип», то есть систему четкого подчинения. Однако летом 1936 года выяснилось, что ни генеральный секретарь Тирфельдер, ни директор Фен не пользовались доверием партийных кругов. Масла в огонь подлил и сам Хаусхофер, выразивший сомнения относительно того, что эти двое «когда-либо честно поддерживали НСДАП». Сам Тирфельдер не раз подчеркивал, что президент Академии должен был быть не ее руководителем, а «первым среди равных». По сути, за этой безобидной фразой скрывалось желание генерального секретаря получить неограниченные полномочия в организации, что никак не могло устроить Хаусхофера. Он отнюдь не намеревался довольствоваться почетными, но тем не менее декоративными функциями. Обвинения в том, что генеральный секретарь вел дела за спиной президента, были не совсем беспочвенными. Тирфельдер без каких-либо консультаций с Хаусхофером и Имперским министерством иностранных дел осуществлял проекты на территории Польши, Болгарии, Румынии, а также в Вене и в Загребе. Интриги настолько утомили профессора геополитики, что в 1936 году он хотел оставить все свои посты. Однако он желал, чтобы этот шаг был санкционирован, а потому решил не складывать с себя полномочий президента «Немецкой Академии» до 1937 года, когда должны были состояться очередные выборы главы организации. Раздраженность накапливалась, а потому со временем он стал говорить о своих противниках как о «клике париков», о «системных личностях», которые нельзя было сделать «инструментом Третьего рейха». В конце 1936 — начале 1937 года Хаусхофер находился на грани нервного срыва. Он почти прекратил общение с коллегами.