В 1756–1765 годы, при игумене Иннокентии, к северной (уцелевшей) части храма в стиле барокко была пристроена новая (нынешняя). Но к тому времени уже перевелись искусные умельцы-камнесечцы, да и денег больших у монастыря не было, к тому же и прежний раствор, скреплявший камни, был утерян. Однако мастера старались сохранить все, что только можно было сохранить: основание старого собора с фигурным цоколем, до половины сложенные на прежнем фундаменте стены, несколько резных масок на западной стене и пр.
В 1683 году возле южной стены монастыря — на месте деревянной церкви мученика Леонтия, возведенной еще Андреем Боголюбским, была возведена Благовещенская трапезная церковь. Но в 1804 году ее весьма значительно перестроили, отчего она утратила свой первоначальный вид.
В Свято-Боголюбовом монастыре долгое время хранилась грамота 1489 года, которая была выдана великим московским князем Иоанном III игумену и братии монастыря. Согласно этой грамоте, монастырские священнослужители должны были участвовать в торжественных богослужениях и панихидах, которые совершались во Владимирском Успенском соборе в дни поминовения владимирских князей и епископов. Эта же грамота закрепляла за обителью владение многочисленными селами, лесами и пустошами. Позднее эти пожалования и права монастыря были подтверждены грамотами и других русских князей и царей. Так, в сохранившемся тексте указа царя Алексея Михайловича подтверждались "рыбные ловли в реке Клязьме, предоставленныя братии Боголюбова монастыря".
А так как обитель стояла на оживленной дороге, которая вела в Нижний Новгород и Казань, то цари, князья и другие именитые лица часто посещали монастырь. Так, в 1690 году (по пути во Флорищеву пустынь) в Боголюбовом монастыре останавливался царь Федор Алексеевич, оставивший на украшение Боголюбской иконы Божией Матери свой золотой наперсный крест, украшенный драгоценными камнями. В 1690 году в монастырь приезжал Петр I, приславший потом в дар часы с боем, изготовленные шведским мастером. С учреждением в царствование Екатерины 11 монастырских штатов крестьяне Боголюбовой обители поступили в казенное ведомство. А император Павел I, посетивший обитель в 1789 году (вместе с сыновьями) по пути в Казань, подарил монастырю мукомольную мельницу.
Бывали в Боголюбове и другие русские самодержцы. Император же Николай II, посетив все святые места обители, под конец с благоговением взирал на нишу под лестницей, где в известковые камни пола темными пятнами на века впиталась кровь великого русского князя. А потом император на некоторое время задержался у святого шатра, на месте которого прежде стоял интересный памятник XVII века — восьмиколонный киворий. Под сенью его помещалась кандея — старинной формы белокаменная чаша с высеченным на дне крестом. Во время раскопок, проводившихся под руководством Н.Н. Воронина, археологи обнаружили в земле ее трехступенчатое круглое подножие. По одной из версий, в этой чаше ежегодно — в день празднования Боголюбской иконы Божией Матери (18 июня) — освящали воду в память того дня, когда Пресвятая Богородица в лучезарном сиянии явилась благочестивому князю Андрею. Согласно старинному преданию, чаша была устроена как раз на том месте, где стоял княжеский шатер, в котором и произошло явление Царицы Небесной, завещавшей остановиться на этом месте и устроить здесь обитель[36]
.Правда, сохранилось и предание, будто из кандеи князь Андрей Боголюбский раздавал деньги строителям Боголюбской обители и бедным людям[37]
. А сам киворий, по мнению Н.Н. Воронина, своими очертаниями повторял башни с островерхими шатрами, которые стояли по сторонам Рождественского собора[38].В свое время князь Андрей Боголюбский возвел еще над-вратную церковь в честь святого апостола Андрея Первозванного, но в конце XVIII века она была разобрана, и на этом месте в 1842 году возвели колокольню, высота которой равнялась 58 метрам. В первом ярусе колокольни помещались Святые врата, во втором — храм Успения Божией Матери, в третьем — звонница с колоколами; самый тяжелый весил почти 500 пудов.
После осмотра святынь обители царь проследовал к монастырской ограде, где, по преданию, два дня пролежало тело убитого князя, а отсюда — к старинному храму Рождества Пресвятой Богородицы, построенному (как говорилось выше) по велению Самой Царицы Небесной. Предвидел ли государь, что через несколько лет повторит высокую и трагическую судьбу благоверного князя Андрея Боголюбского? Спустя столетия после смерти своего великого предшественника был расстрелян последний русский император, и дата расстрела царской семьи точно совпала с днем памяти князя Андрея Боголюбского.