Борис Годунов стремясь утвердиться на престоле и основать новую династию, отчетливо осознавал, что будущее его потомков во многом зависит от позиции членов Думы. Царь Борис всячески стремился заручиться поддержкой бояр и убедить знать, что его правление не будет таким кровавым как царствование Ивана IV Грозного, а также не будет изменена сложившаяся система местничества, которая гарантировала знати главенствующие места в государственном аппарате. Поэтому в царствование Бориса Годунова перестановки в Боярской думе не происходили.
Это вовсе не значит, что Годунов совсем отказался от жёстких мер управления. Изредка он напоминал боярам, кто хозяин в государстве. Примером этому служит дело Ивана Пуговки Шуйского. Но его методы устрашения не шли, ни в какое сравнение с кровавыми расправами его предшественников. К тому же знать измученная и напуганная десятилетиями правительственного кровавого террора была не способна к мощной политической оппозиции.
Казалось, что наступило время политической стабильности. Власть Бориса Годунова была крепкой. Новая династия не ощущала опасности, которая уже стаяла на пороге.
В начале XVI столетия в России случился трехлетний недород. Недостаток продовольствия стал причиной голода. Бедствие спровоцировало народные выступления. Голодные толпы людей, размышляя над причиной постигших их бед, по привычке во всём обвиняли власть, в том числе нового царя.
Повсеместно происходили вооружённые выступления крестьян. Достаточно назвать крупное восстание бедноты под руководством атамана Хлопко.
В это время на южных рубежах появился человек, выдававший себя за чудом спасшегося царевича Дмитрия Ивановича, младшего сына Ивана IV Грозного и, следовательно, законного наследника русского престола.
«Лета 7113 году учинилась весть государю царю и великому князю Борису Федоровичу всеа Русии, что назвался в Литве вор государьским имянем царевичем Дмитреем углецким великого государя царя Ивановым сыном».
В исторической науке первого самозванца принято называть Лжедмитрием I или «Расстригой». Малочисленная и слабо вооружённая армия самозванца 13 октября 1604 года перешла русскую границу и стала медленно продвигаться по территории южной Руси. Окрестное население с радостью встречало чудом спасшегося царевича, его армия постоянно пополнялась, а многие южные крепости сдавались без боя.
На сторону Лжедмитрием I переходят северские и рязанские дворяне, грозная боевая сила.
В Москве к отражению агрессии оказались не готовы. К 12 ноябрю с трудом было сформировано три полка.
«И тое же осени на Дмитреев день по вестем послал государь на Северу бояр и воевод на три полки до большова розряду: В болшом полку боярин князь Дмитрей Иванович Шуйской да князь Михайло Федорович Кашин. В передовом полку окольничей Иван Иванович Годунов. В сторожевом полку боярин Михайло Глебович Салтыков».
И так во главе армии направленной против самозванца царь поставил Дмитрия Шуйского. Чем руководствовался Борис Годунов, поручая войска князю Шуйскому?
Прежде всего, устоявшимися в государстве правилами. Дмитрий Иванович Шуйский был старейший член Думы и получал назначение согласно своему положению.
Чуть позднее на юг отправили дополнительные войска. «А после того послал государь бояр и воевод князя Федора Ивановича Мстиславского».
Князь Мстиславский принял общее командование над русской армией. Царские воеводы действовали медленно и нерешительно. Войска самозванца продолжали продвигаться к Москве.
В январе 1605 года на юг было отправлено подкрепление под командованием князя Василия Ивановича Шуйского. Он стал вторым воеводой в армии, заместителем князя Мстиславского.
Воеводам удалось нанести несколько поражений армии Лжедмитрия, но они не стали преследовать врага, чтобы довершить его разгром.
Медлительность, осторожность, нерешительность, отсутствие инициативы, вот методы управления армией царскими воеводами.
На первый взгляд, воевод можно заподозрить в нежелание сражаться за царя Бориса Годунова. Возможно, в какой-то степени, так и было. Но следует также учесть, что не всё зависело от Мстиславского и братьев Шуйских.
Местное население всецело поддерживало самозванца, искренне веря, что это царевич Дмитрий. После каждого поражения армия Лжедмитрия вновь пополнялась новыми бойцами.
После тяжёлой военной компании многие дворяне стали самовольно покидать полки и разъезжаться по своим имениям. В таких условиях продолжать военные действия стало невозможно, и главные воеводы распустили служилых людей на отдых.
Такое решение вызвало гнев царя. В Москве спешно начали формировать новые полки. Военные действия возобновились. В целом царская армия постоянно теснила войска самозванца, одерживая победы. Но всё изменилось после смерти царя Бориса Годунова, умершего 13 апреля 1605 года.