Илья очень крепко держался за Бутусова, но кто в этой паре кого поддерживал, многие трактовали по-разному. «Кормильцев испытывал к Славе какую-то любовь. Возможно, это был в хорошем смысле слова латентный гомосексуализм, — утверждает Алексей Хоменко. — Кормильцев трактовал так: „Наутилус“ — это то, что у меня и Славы в голове. Остальные появляются по необходимости и исчезают после… „Наутилус“ не мог быть для Ильи всем. Он был лишь частью его огромного мира. Может быть, самой публичной егочастью, но точно не самой важной».
Во времена гитарного состава Илья появлялся редко и относился к происходящему в группе очень оппозиционно. Ему многое не нравилось и в звучании, и в атмосфере. По словам Потапкина, «тогда мнение Ильи точно не было решающим. Он был отдельной планетой, живущей по собственным законам».
Влияние Кормильцева в «Наутилусе» заметно усилилось с 1995 года. По мнению Могилевского, «роль Ильи была деструктивной. Он вообразил себя гигантом шоу-бизнеса, изучил все, что мог, про лейблы, продвижение, авторские права, бренды… У него голова лопалась от идей. Илья убивал „Наутилус“, активно толкая его в рынок. Он превращал его в заводик по выпеканию хитов, клипов и другой разнообразной продукции. Постоянно что-то перепродавалось, переуступалось, крутились какие-то деньги. Илья как минимум два раза, а может, и больше, продал каталог „Наутилуса“».
Влияние шоу-бизнеса опять пагубно сказалось на отношениях в группе. В «НП» началось имущественное расслоение. В гитарном составе музыканты получали 100 %, а Слава — 125. Это было чем-то вроде роялти, и всеми воспринималось нормально. В середине 1990-х Илья решил, что правом на бренд «Наутилус Помпилиус» обладают только два человека — он и Бутусов. Все остальные музыканты тут же превратились в наемных рабочих. По свидетельству Могилевского, они стали получать в среднем по 250–300 долларов за концерт. А Слава — в разы больше.
В конце 1996 года возникла история с записью альбома «Яблокитай». Илья нашел студию в Англии и замечательного английского музыканта Билла Нельсона. Кормильцев обещал вывезти туда лучших представителей «НП» — Могилевского и Потапкина. «Мы поверили, ведь мы это действительно заслужили, и засунули в задницы языки, перестали ворчать по поводу новых порядков», — говорит Алексей. Но в Англию поехали только Слава с Ильей, а все инструментальные партии записал один Нельсон. По результатам этой записи «Наутилус» был объявлен Кормильцевым «виртуальной группой». Виртуальность виртуальностью, но люди-то в ней состояли живые, и эти люди должны были есть.
Музыканты очень не хотели, чтобы «Наутилус» распадался. Они надеялись, что Слава одумается. После «Яблокитая» нужен был тур в его поддержку. Только в мае 1997 года Кормильцев, по его собственным словам, «выбил прощальный тур».
Музыкантам раздали демодиски, и они, хотя и не принимали участия в записи, сидя в гостиничных номерах, добросовестно разучили полагавшиеся им партии. Репетировали этот материал на базе оркестра Олега Лундстрема на «Бауманской» — примерно в том же районе, откуда «Наутилус» в 1988 году начинал завоевывать Москву. В результате напряженных репетиций получилась очень вкусная программа. Песни «Яблокитая» заиграли новыми красками — их исполняли на сцене живые люди, русские парни сделали свой вариант ирландских аранжировок. «Наутилус» репетировал без Славы. Лидер приехал на последний прогон. Прослушал все и сказал: «Офигенно». Группа выдохнула — значит, снова будем работать. Эту программу поиграли совсем немного. Проехали по нескольким городам, дали три концерта в Москве.
Официально последнее выступление состоялось в Екатеринбурге 12 июня, в зале стадиона «Юность». Это было настоящее эхохранилище — каждый звук отражался многократно, подиум шатался. Виктор Комаров посетил этот концерт: «Я зашел в гримерку. Напряженность там висела в воздухе, только обувью друг в друга не кидались. Я стоял у сцены и видел, что играют они, как наказание отбывают. До конца я не дослушал, ушел, мне было неприятно на это смотреть. Да и народ стал с середины расходиться. На старом „Наутилусе“ никто раньше конца не уходил».