Святейший Патриарх, узнавший о происшедшем перед началом служения литургии в Успенском соборе Кремля, занял очень мудрую и взвешенную позицию. Впоследствии в его адрес не раз звучали упреки в некоторой расплывчатости его высказываний. Между тем они были вполне определенными: нужно сохранить законную власть, любыми способами избежать развязывания гражданской войны. В своем обращении от 20 августа Патриарх Московский и всея Руси Алексий II писал: «В жизни нашего Отечества произошло чрезвычайное событие. Президент СССР Михаил Сергеевич Горбачев, избранный Съездом народных депутатов СССР, отошел от верховной власти в стране. При этом остаются неясными обстоятельства этого отхода. Такое положение смущает совесть миллионов наших сограждан, для которых встает вопрос о законности новообразованного Государственного комитета по чрезвычайному положению, объявившего о принятии им верховной власти в стране». В этом же обращении говорится: «Мы обращаемся с призывом ко всем чадам Русской Православной Церкви, ко всему нашему народу, сугубо к воинству нашему, в этот критический для Отечества момент проявить выдержку и не допустить пролития братской крови». В переломную ночь со вторника 20 августа на среду 21 августа, когда начались вооруженные столкновения, Патриарх в новом обращении еще более определенно высказался о недопущении кровопролития: «В этих условиях мой долг Патриарха предупредить всех, кому слово Церкви дорого и небезразлично: всякий, кто поднимет оружие на своего ближнего, против безоружных людей, приемлет на душу тягчайший грех, отлучающий его от Церкви, от Бога. О таковых подобало бы больше проливать слез и молитв, чем об их жертвах».
Убедительную и практически бескровную победу в возникшем противостоянии одержали Президент РСФСР Б.Н. Ельцин и его сторонники. Указом Ельцина была приостановлена деятельность коммунистической партии на территории России, с этого момента уже полностью утратившей свое господствующее положение в стране.