Реакция Патриарха на это открытое письмо была весьма жесткой. Священники были запрещены в священнослужении. Также было опубликовано специальное обращение Патриарха, где говорилось: «В их действиях мы усматриваем стремление нанести вред единству нашей Святой Церкви и нарушить мир церковный… Кроме того, в их действиях мы усматриваем и стремление возвести клевету на государственные органы… Распространению всевозможных „открытых писем“ и статей должен быть положен решительный конец». Крайне отрицательной была официальная реакция на открытое письмо и у епархиальных архиереев, несущих ответственное церковное служение священников. Например, митрополит Ярославский и Ростовский Иоанн в своем письме Генеральному секретарю Всемирного Совета Церквей отмечал: «Я особенно возмущаюсь поведением священника Глеба Якунина, который, оставив созидательную деятельность пастыря, обратился к писанию клеветнических заявлений, волнующих лживыми миражами атмосферу экуменического движения».
Настоятель Ярославского кафедрального собора протоиерей Борис Старк также писал, осуждая поступок Глеба Якунина: «Я не читал лично этого письма, но на основании мною услышанного от наших делегатов считаю своим пастырским долгом откликнуться на то, что было мною услышано». В 1966 году 12 верующих Кировской епархии подписались под письмом к Патриарху, составленным Борисом Талантовым. В письме говорилось о том, что религиозная жизнь разоряется руками церковного руководства. Письмо получило огласку за пределами страны. В результате травли, развязанной в местной печати, скончались, не выдержав стресса, несколько человек, подписавших письмо (в том числе жена Талантова — от инсульта). 12.06.1969 года Б. Талантова арестовали и осудили на 2 года лагерей общего режима, где он и умер за несколько часов до освобождения.
Кроме того, в 1968 году за свое письмо, в котором содержались обвинения в отходе от норм, выработанных Поместным Собором 1917–1918 гг. и резкая критика реформы приходского управления был отправлен на покой и послан в Жировицкий монастырь Калужский архиепископ Гермоген (Голубев).