11 апреля 1841 года состоялось определение Святейшего Синода: архимандрит Макарий преступает пределы своего звания и противоречит высшей власти, обоснования предпринятого им труда неосновательны, погрешительны и нелепы, но, взирая со снисхождением на его дерзновенный и нелепый поступок, Святейший Синод оставляет его на миссионерском служении с назначением молитвенной епитимии с поклонами по силе и усмотрению преосвященного епископа Томского. По возвращении отца Макария заставили в наказание каждый день служить литургию в продолжение шести недель, что он принял за милость Божию и был очень доволен такою епитимией. Дела перевода он, конечно, не оставил.
В ноябре 1841 года он отчего-то направил на имя Московского генерал-губернатора князя Д.В. Голицына рукопись извлечений из книг Ветхого и Нового Завета, предназначенных для новообращенных, с просьбой оказать содействие в публикации. Князь Голицын знал порядки и потому отослал рукопись обер-прокурору графу Н.А. Протасову. 13 ноября 1842 года на заседании Синода обсуждалась уже отрецензированная рукопись отца Макария. Решение по поводу неугомонного алтайского миссионера, столь же упрямого, как и его идейный наставник, было подготовлено графом Протасовым и послушно принято синодалами. Святейший Синод постановил: вновь подтвердить архимандриту Макарию через преосвященного Томского, что «если он и впредь будет преступать долг смирения перед церковной властью с произвольным объяснением Священного Писания и по таковым совершенно духовным предметам обращаться мимо духовного начальства к посторонним властям, то за сие подвергнется неминуемо законному взысканию». На следующий год Синод перевел отца Макария с Алтая в Орловскую епархию, назначив его настоятелем третьеклассного Волховского Оптина монастыря.
Негативное отношение к святителю Филарету в то время преобладало не только в Святейшем Синоде. Епископ Рижский Филарет (Гумилевский) писал 17 октября 1844 года профессору Московской духовной академии А. В. Горскому: «Правда ли, что владыка решился издать слова свои? “Москвитянин” [журнал, издаваемый М.П. Погодиным] возбудил ожидания, и меня спрашивают даже немцы. Они глубоко уважают его. А русские? Бросают в него грязью. Будет время, когда сильно будут каяться, но – без пользы для Церкви».
Случайно ли именно в эти нелегкие дни митрополит Филарет созидает близ Лавры Гефсиманский скит?
Архимандрит Антоний (Медведев), самозабвенно отдавшийся трудам по благоустройству Лавры и поддержанию доброго образа жизни братии, скоро стал уставать. Откровенно написав митрополиту, что при таком виде служения он опасается за свое спасение, наместник усомнился, нужен ли он на этом месте. 28 мая 1838 года владыка написал в ответ: «Яблони и вишни, если находите благонадежный случай, посадите. Но теперь, думаю, прошло уже время. Разве осенью? Безмолвие, конечно, вещь хорошая. Но думаю, кто призван служить в обществе, не должен уходить от сего без особенного указания от провидения Божия. Если будет угодно Богу, поговорим о сем усты ко устам». 3 февраля 1840 года в ответ на прямое прошение наместника об уходе на покой митрополит Филарет ответил кратко: «Дни лукавы. Делателей мало. Во время брани как не удерживать воинов на местах, требующих защищения и охранения?».
Тогда для обновления и освежения сил отец Антоний задумал создать скит в восточной части Сергиева Посада, где была роща Корбуха, излюбленная еще митрополитом Платоном. Он сообщил о своем намерении владыке. Митрополит Филарет написал ему в ответ 18 сентября 1841 года: «Мысль о ските очень вожделенна, но требует немалого размышления… Желаю говорить о сем более лично». После обсуждения и осмотра ими места митрополит все еще колебался, не уверенный, есть ли на то воля Божия. Наместник сообщил, что он рассказал об их намерении посетившему Лавру митрополиту Филарету (Амфитеатрову), и он вполне одобрил выбор места. 3 сентября 1843 года митрополит Филарет написал: «Добре было бы, если бы Матерь Божия благословила быть Гефсиманскому скиту».
Гефсиманский скит. Сер. XIX в.
Намерение отца Антония сильно понравилось и ему, всегда мечтавшему о тишине и уединении, но начать дело законным путем означало бы утопить его в бесконечных согласованиях и многолетней переписке с Синодом. Поэтому поначалу было заявлено об устройстве в Корбухе монастырского кладбища и часовни при нем. Наместник узнал о готовящемся сносе неподалеку, в селе Подсосенье, старой, но еще крепкой деревянной церкви и купил ее для скита. Храм был освящен 28 сентября 1844 года митрополитом Филаретом. При храме построили один дом с помещением для владыки и двенадцати человек братии, а другой дом – для отца наместника.