По словам руководителя «Атолла», работавшего с Березовским с 1994 года (что позволяет предположить, что «Атолл» и был созданным для его охраны спецподразделением ФСБ), тот потратил на его создание 3,5 млн. долл. Содержание обходилось в 300–400 тыс. долл. в месяц, в том числе 100 тыс. шло на агентуру. С 1995 года «Атолл» записывал все разговоры в доме приемов «ЛогоВАЗа», где собиралась связанная с Березовским часть элиты страны (возможно, разговоры записывались и до того, но другими его людьми). В ходе одного из конфликтов Березовского и Гусинского каждый из них, похоже, отдал своей спецслужбе приказ убить конкурента, но их руководители договорились не развязывать войну на уничтожение; возможно, слепое исполнение ими приказа избавило бы страну от многих бед.
Генпрокуратура возбудила уголовное дело и провела безрезультатную серию обысков в «Атолле», но Березовский, перепугавшись, спрятался в Швейцарии и избавился от него, сначала сократив, а затем и прекратив его финансирование. В результате свою политическую деятельность он продолжил без глаз и рук, что еще более снизило ее эффективность и разумность.
В ходе нарастающего скандала Ельцин в начале марта уволил Березовского с поста исполнительного секретаря СНГ «зарегулярные действия, выходящие за рамки полномочий и невыполнение поручений председателя Совета глав государств СНГ» (то есть самого Ельцина).
2 апреля 1999 года лидеры стран СНГ утвердили отставку, а уже 6 апреля генпрокуратура вынесла постановление о заключении под стражу Березовского и его помощника, заместителя гендиректора «Аэрофлота» Глушкова. Лишь 14 апреля это решение было отменено, но дело продолжалось.
Следователи считали, что два заместителя гендиректора (Глушков и Красненкер, в СССР писавший для Березовского диссертации «на заказ») и главный бухгалтер Крыжевская «ввели в заблуждение» гендиректора маршала Шапошникова, убедив его сосредоточить 80 % свободных валютных средств «Аэрофлота» на счетах швейцарской фирмы Andava, среди основных акционеров которой были Березовский и Глушков. Только в 1996–1997 годах через нее прошло 252 млн. долл., из которых около 40 млн. были украдены. Обвинения против Березовского были выделены в отдельное дело, а «дело „Аэрофлота“» закончилось лишь в 2004 году: обвиняемые были признаны виновными в нетяжких преступлениях и отпущены как отбывшие наказание или по амнистии. В 1999 году скандал достиг такой интенсивности, что его гендиректор Окулов специально заявлял, что у Березовского «нет ни одной акции „Аэрофлота“» и называл его контроль «мифом». Благодаря замене руководства это уже было так.
Испугавшись расследования и заявлений Е.М. Примакова о необходимости борьбы с криминалом, Березовский напряг все свои возможности – как по влиянию на «семью», так и по медийной дискредитации премьера. Он уже не осознавал, что из закулисного манипулятора сам превратился в простое орудие против Е.М. Примакова в руках тех, кого привык считать пешками своей гениальной игры.
Окружение Ельцина смертельно боялось пользовавшегося почти всеобщей поддержкой премьера. Когда делегация во главе с Ю.Д. Маслюковым договорилась с МВФ (благодаря титаническим усилиям прежде всего зампреда Центробанка Т.В. Парамоновой и Министра финансов М.М. Задорнова), дав Е.М. Примакову поддержку и России, и Запада, Ельцин уволил его как опасного конкурента. Березовский приписал эту победу себе, но решение было принято хотя и в соответствии с его мольбами, но без его участия.
После отставки Е.М. Примакова в едва оправившейся от дефолта стране начался политический кризис. Либеральные реформаторы бросились обратно во власть, – а Березовскому, так сильно ударившему по ним после «Связьинвеста», места уже не было.
Похоже, он принял участие в хаотичной грызне за выбор преемника уже не способного управлять страной Ельцина, сорвав освобождение генерала МВД Шпигуна, которое должно было состояться 12 июня 1999 года. Это ослабило позиции премьера Степашина, а Шпигун, в котором отпала надобность, был после долгих мытарств убит чеченскими бандитами.
Березовский начал подготовку к парламентским выборам 1999 года и к разрешению нараставшего политического кризиса усилением медиаресурсов.
Еще весной 1999 года он купил 37,5 % акций МНВК «ТВ-6 Москва», в создании которой участвовал после краха ГКЧП, доведя свою долю до 75 %. В июле 1999 года купил издательский дом «Коммерсантъ», выпускавший наиболее влиятельную тогда деловую газету и ряд эффективных еженедельников. Формально издательский дом принадлежал его учредителям-журналистам, но, похоже, к дефолту 1998 года попал под контроль владельца банка СБС-АГРО Смоленского, потерявшего в результате дефолта свой бизнес и влияние. (В 2004 году Фридман рассказал, что Березовский угрожал ему, когда он хотел дать кредит журналистам «Коммерсанта», хотевшим выкупить его; Березовский оспорил это заявление и отсудил в Лондоне 50 тыс. фунтов ущерба репутации и 1,5 млн. фунтов судебных издержек.)