5 или 6 сентября 1032 года умер король Родольф III Бургундский, который по-настоящему правил лишь своим королевским доменом (позднее — французская Швейцария): графы Бургундии, Дофине, Савойи и Прованса были почти независимы от него. Его племянник Одо Шампанский, чье владение почти окружало домен французской короны и граничило с Лотарингией, подчинил себе большую часть Бургундии с крепостями Нойенбург и Муртен. Конрад II, который в это время вел войну в Саксонии, зимой выступил в Петерлинген. Петерлинген, основанный матерью императрицы Адельгейды и переданный Клюни, был на особом счету у королей Бургундии и Германии. Здесь 2 февраля 1033 года Конрад был избран знатью северной Бургундии бургундским королем и коронован. Покойный король Родольф некогда вручил ему, как своему сеньору и наследнику Генриха II, диадему и инсигнии королевства Бургундия. Суровая зима заставила императора совершить обратный марш, не заняв крепостей. В Цюрихе ему и его сыну присягнули родоначальник позднейшего савойского дома граф Гумберт Вейсханд со своими родственниками, а также вдова последнего короля Бургундии.
Смерть французского престолонаследника, последовавшие за ней споры о преемстве и итальянский поход Конрада 1025 года развалили заговор, который должен был объединить против Конрада короля Роберта, герцога Вильгельма Аквитанского, князей в Лотарингии и в самой Германии. При сыне короля Роберта Генрихе I (1031–1060) благодаря посредничеству епископа Бруно Тульского и аббата Поппона из Ставло в мае 1033 года состоялась встреча обоих правителей в Девиле на Маасе. В результате Генрих, очевидно, признал вступление Конрада во владение Бургундией, и оба правителя заключили союз против Одо. Помолвка французского короля с императорской дочерью не состоялась из-за ее смерти в следующем году. Поход Конрада в Лотарингию в середине лета 1033 года заставил Одо, который разорил Тульское епископство, покориться. Так как Одо Шампанский не сдержал своего обещания, не ушел из Бургундии и вновь совершил грабительский набег на Туль, Конрад с сильным войском дошел в 1034 году до Роны, где его встретили граф Гумберт и итальянский отряд под предводительством Ариберта Миланского и графа Бонифация Тусцийского. Одо, уклонившись от столкновения, бежал. Приняв от южнобургундских князей клятву верности, император Конрад 1 августа 1034 года, во время торжеств в честь святого Петра, направился в собор св. Петра в Женеве. В последующие годы — согласно передаваемой грамотами хронологии — власть Конрада формально была признана также в Провансе, однако занимался он Провансом так же мало, как и Родольф. Ничего не известно и о его управлении бургундским королевским доменом. Приобретение Бургундии было важно тем, что вместе с ней Империя овладела остальными альпийскими горными перевалами и, следовательно, всеми дорогами в Италию. Изгнание Одо воспрепятствовало распространению французского влияния в Италии на целых 200 лет. Связь трех держав в середине Европы усиливала могущество императорской власти.
После объявления своего сына совершеннолетним Конрад с полным правом мог сказать: «imperialli autem nostra potestate Dei gratia magis magisque in regno confirmata et corroborata» («наша имперская власть Божьей милостью все более и более крепка и сильна в королевстве»). Пасынок Конрада Эрнст Швабский, который в 1028 году получил назад свой герцогский лен, в 1030 году по решению князей был осужден на изгнание, поскольку не захотел взять на себя клятвенное обязательство преследовать своего опального вассала Вернера Кибургского. Вскоре после этого Эрнст Швабский пал в бою, став жертвой скверных советников, своей собственной горячности, справедливого и строгого императора и, не в последнюю очередь, своей верности.