Монастыри были средоточием духовных сил, хотя порой в них встречались монахи лишь по облачению. Генрих III был предан идеалам реформаторов, таких как Ричард из Сен-Ванна или Поппон из Ставело, стремившихся восстановить в аббатствах строгие правила устава. Однако он не довольствовался лишь установлением этих правил. В реформируемых монастырях он подчинял их устав законам империи (
Благодаря своей супруге Агнессе де Пуату, семья которой была очень близка знаменитому бургундскому монастырю, король завязал дружеские отношения с Гуго де Семюром, аббатом Клунийским, который должен был стать крестным будущего Генриха IV.
Генрих III не забывал, что он был королем Италии. Реформы осуществлялись и там. Иоанн Гальберт в Валломбрезе близ Равенны и Петр Дамиан и Фонте Авеллана активно взялись за преобразования. Правитель, не стесняясь, восстановил в должности Ариберта, смещенного Конрадом II за строгое соблюдение канонического закона. Кандидатура архиепископа Равеннского, Кельнского причетника, оказалась неподходящей, и Генрих отстранил его от дел. Он был не только королем Германии, Бургундии и Италии; он был также королем римлян. Прошло семь лет с тех пор, как он сменил своего отца, а он все еще не был коронован в Риме. Пришло время отправиться туда; но разве Генрих III, так жаждущий чистоты, мог смириться с мыслью, что он будет коронован недостойным папой? В начале 1046 г. состояние папства вызывало тревогу. Бенедикт IX, который, возможно, не был столь плох, как нам его рисует историография, до 1044 г. установил режим, при котором семейство Тускулов стало хозяином Вечного города. Изгнанный римлянами, которые в 1044 г. поставили на его место представителя оппозиционного клана Кресценциев Сильвестра III, он сумел восстановить свою власть в следующем году. Эту власть он передал на подозрительных условиях — оставил или продал? — своему крестному, который принял имя Григория VI. Действительно ли Григорий, чей приход к власти строгий Петр Дамиан приветствовал с энтузиазмом, заплатил за нее? Генрих III встречался с ним в Пьяченце, но свой пост он занял позднее, после того как получил разъяснения о махинациях Бенедикта IX, а один поэт призвал его как наместника Вседержителя восстановить единство Церкви. Синод, собравшийся в Сутри 20 декабря 1046 г., повинуясь воле императора, вернул Сильвестра III в его епископство, а Григорий VI, признав себя виновным в симонии, отрекся от сана. Бенедикт IX был низложен. Генрих III созвал собор, который позволил бы если не принять решение, то хотя бы избавиться от сомнений. Адальберт, которого хотели возвести на престол Петра, отказался. Избранником стал епископ Бамбергский, принявший имя Климента II в знак того, что он призван вернуть Церковь к чистоте ее истоков. В день своего вступления на папский престол он короновал Генриха и его жену, а затем римляне возвели императора в ранг патриция. Таким образом император принес реформы в Рим, действительно намереваясь очистить сердце мировой Церкви. Вопреки тому, что утверждают историки, он не стал назначать папу, как это он делал с любым епископом своей Империи. Он не объединил Папский престол с императорской Церковью, чтобы тем самым заложить фундамент единой системы управления. Он прекрасно понимал, что оба органа власти должны вместе обеспечивать безопасность христианства. Успех этого сотрудничества могло обеспечить лишь единство двух людей, объединенных одним стремлением. Генрих стал патрицием, и этот титул давал ему право решающего голоса в выборах суверенного понтифика.
Климент II умер 9 октября 1047 г.; его преемник, Дамас II, бывший епископ Бриксенский, умер 9 августа 1048 г., через три недели после вступления на папский престол. Бруно Тульский, сменивший его, был дальним родственником императора. Взятое им имя, Лев IX, говорило о желании возродить славу Вечного города, великолепие которого некогда прославил Лев Великий. Оставляя епископство Тульское, он забрал с собой своих лотарингских сподвижников, в числе которых был Гумберт де Муаенмутье. Реформа стала главной заботой Льва IX. За шесть лет своего понтификата он исколесил всю Европу, проводя реформу в жизнь. В Майнце император принял участие в созванном им синоде. Это сотрудничество закончилось весной 1054 г. По неосторожности включившись в борьбу с нормандцами, суверенный понтифик был разгромлен и взят в плен, а освободился из него, только чтобы достойно встретить смерть. Новый папа, Виктор II, епископ Эйхштатский, как и все его предшественники на троне Петра с 1046 г., был ставленником Генриха III.