Фридрих понял, что нужно сменить приоритеты: в первую очередь крестовые походы, потом Ломбардия. Он готовился отплыть к Святой Земле во время, назначенное папой, когда в порту Бриндизи, полном людей, вспыхнула эпидемия холеры. Армия поредела; ландграф Тюрингии, муж будущей святой Елизаветы, тоже стал жертвой чумы. Как начинать в таких условиях?! Григорий IX тоже не был готов: сроки не соблюдались, нужно исполнять предусмотренные меры наказания; отлучение от церкви обрушилось на Фридриха. Кардинал Уголин, защитник Франциска Ассизского, предупредил воспитанника Иннокентия III: став Григорием IX, в императоре он видел только врага. Считая, что отлучение было в основе политическим актом, Фридрих поступил так, как бы не был вне христианства. Через год после катастрофы в Бриндизи он отправился в поход в сопровождении магистра тевтонского ордена, своего советника. В отлучении он добился большего успеха дипломатией, чем крестовые походы, освященные Святым престолом; они не получили желанного оружия. Султан Аль-Камиль вернул христианам Иерусалим и Вифлеем, соединенные с берегом коридором. 18 марта 1229 г. Фридрих II, женившийся четырьмя годами раньше на дочери Иоанна де Бриенна, короля Иерусалима, короновался в базилике Гроба Господня. В манифесте на этой церемонии он назвал чудом освобождение Святых Мест, творением небесных сил. Итак, император был просто инструментом Бога. Но наступило время возвращения: Григорий IX усилил отлучение, ссылаясь на выступление Фридриха на епископальных выборах в Сицилии. Войска понтифика начали покорение королевства, правитель которого был крестоносцем, но лишенным церковного причастия. Едва вернувшись, император изгнал солдат папы. Герман фон Зальца добился соглашений в 1230 г. в Сан-Джиминиано: папа снял отлучение, со своей стороны Фридрих пообещал больше не вмешиваться в выборы епископов (в сицилийском королевстве было 150 епископов), он также заявил, что отказывается от претензий на земли, которые вернул себе Иннокентий III.
В Германии жалобы тех, кого угнетала политика Генриха (VII), стали все настойчивее. Мы уже видели, как Фридрих навел тогда там порядок. Решив эту проблему, он снова вернулся к Ломбардской лиге. Во время своей первой попытки в 1225 г. он представил свою миссию более высокой и ясной.
Его роль на Святой Земле, с одной стороны, и принципы, изложенные в
Когда Фридрих женил своего внебрачного сына Энцио на самой богатой наследнице Сардинии, Григорий IX увидел в этом намерение забрать у Святого престола остров, который был его вотчиной. Союз с Ломбардской лигой был необходим, неважно, что в нем полно еретиков: победить ересь было делом специалистов, нищенствующих монахов, а не Фридриха. Он опять был предан анафеме. Император больше не боролся с мятежниками, его политика вела к противостоянию духовенства и империи. Действующие лица были теми же, что и в эпоху Барбароссы: Ломбардия была на стороне папы. Битвы были очень жестокими, как под стенами Брешии. Григорий IX изрек проклятие, Фридрих считался порождением ада, от которого нужно избавить мир. Король осудил стремление понтифика к власти, противоречащее Евангелию. В своей проповеди в городе Пиза он восхвалял свою мессианскую роль Спасителя и объявил место своего рождения, город Иези, новым Вифлеемом. Когда Григорий в 1241 году созвал церковный собор, чтобы торжественно проклясть императора, Фридрих захватил прелатов, которые отправлялись в Рим морем.