Большинство немецких князей, поддерживавшие Штауфенов, решили оставить в покое «апулийского мальчика» и избрали королем Филиппа Швабского, чтобы противопоставить молодому Вельфу не менее энергичного представителя династии Штауфенов. Так на германском престоле оказалось три «законно избранных» короля. Фридрих II находился под опекой матери в Неаполе, и с ним никто не считался. Два других вступили в войну за престол, вербуя себе сторонников как внутри Германии, так и за ее пределами. Страна была ввергнута в длительную распрю, поставившую под угрозу ее единство и независимость. Государство, которое всего несколько лет назад пыталось навязать свое верховенство странам Западной Европы, вдруг само оказалось на грани потери суверенитета.
Прежде всего порвалась связь с Италией. Немецкое господство на юге Италии и в Сицилии рухнуло сразу же после смерти Генриха VI. Королева Констанция перешла на сторону своих соотечественников и даже возглавила «национальную оппозицию», удалив из страны немецких ставленников ее покойного мужа. Города Тосканы, Романьи и Ломбардии создавали союзы, изгоняли немецких наместников, возвращали в свою собственность присвоенные императором земли. В этих условиях наибольшую выгоду извлекло папство. На римском престоле в то время оказался выдающийся деятель католической церкви Иннокентий III (1198-1216). Этот властный, энергичный папа поставил своей целью установить господство курии над всем христианским миром. Сложившаяся в Европе обстановка как никогда ранее благоприятствовала реализации папских теократических замыслов. В Германии происходила династическая смута, оба антикороля обращались к папе, как к арбитру в их споре за престол, а он мог навязывать и тому, и другому свою волю. После смерти Констанции в 1198 г. Иннокентий II согласно ее завещанию стал опекуном малолетнего Фридриха и регентом в Сицилийском королевстве. Опекаемый им законный наследник Штауфенов всегда мог быть использован для оказания давления на соперничавших антикоролей. Папской гегемонии на Западе способствовала также и непрекращавшаяся война между Капетингами и Плантагенетами за французские земли. Поддерживая то французского, то английского короля, Иннокентий III держал их обоих под своим влиянием, пока окончательно не превратил в вассала курии английского короля Иоанна Безземельного. Сюзеренную власть папы должны были признать также короли Арагона и Португалии. Начатый по призыву Иннокентия III четвертый крестовый поход, изменив первоначальное направление, был повернут против Византии и закончился созданием на ее территории Латинской империи. Даже болгарский царь на время признал папское верховенство.
Значительно окрепла власть папы над католической церковью в странах Европы. Римская курия стала судебно-административным центром всей католической церкви. Папа присвоил себе право утверждать избранных на высшие церковные должности и отводить неугодных ему кандидатов. Юрисдикция курии с успехом конкурировала со светской государственной юрисдикцией. Намного возросла папская казна за счет взносов епископов и аббатов (аннаты, паллиум), «динария св. Петра» (взносы из подвассальных государств) и крестоносных поборов (десятины). Широко практиковалась продажа индульгенций. Располагая огромными финансовыми средствами, римская курия могла проводить активную внутриитальянскую и международную политику, не останавливаясь перед применением военной силы. Папа стал полновластным господином в Риме и укрепил свои позиции в Италии. Он подавил оппозицию в городе и полностью подчинил Папскую область. Казалось, нет такой силы, которая могла бы противостоять теократическим притязаниям Иннокентия III. Понимая тем не менее, что такая сила могла появиться с прекращением внутренних смут в Германии и восстановлением единой монархической власти, папа делал все, чтобы этого не допустить. Он поддержал сразу двух претендентов на германский престол и, по словам знаменитого минезингера Вальтера фон дер Фогельвейде, «двух алеманнов... венчал одновременно он короной, чтобы помочь немецким землям разоряться, казне же папской быстро наполняться».