Собственно говоря, исходным пунктом исследований Отто является обнаружение им границ рациональной теологии Канта и Фриза — этому посвящена его первая значительная монография. Религиозное переживание не сводится к прочим человеческим высшим чувствам (не говоря уж об инстинктах, социальных интересах и т. п.); если такое сведение невозможно, то первой задачей становится феноменологическое описание, установление неких всегда в нем проявляющихся априорных структур. Я. Фриз ввел в оборот понятие Ahndung, производное от Ahnung (предчувствие, догадка, постижение) и обозначающее особого рода чувство, свидетельствующее об объективной реальности улавливаемого предмета. Если для Фриза это чувство относилось прежде всего к постижению эстетической ценности, то Отто стал использовать его применительно к религиозному чувству. В такого рода переживании благочестивая душа со всей очевидностью познает Бога как нечто «нуминозное», т. е. вызывающее одновременно страх и трепет перед лицом «Бога живого» (tremendum), и восхищение в любви (fascinans). Иначе говоря, уже в книге, посвященной рациональной теологии Канта и Фриза, он сформулировал ряд центральных тем своего главного произведения.
Книга Рудольфа Отто «Священное» оказала огромное влияние на религиоведение XX века, положив начало феноменологии религии. В 20-е гг. прошлого века ее внимательно читали и использовали далекие друг от друга по воззрениям мыслители (скажем, М. Хайдеггер и К. Г. Юнг); разумеется, она входила в обязательный круг чтения протестантских богословов в Германии. Широкое распространение идеи этой книги получили уже после Второй мировой войны, чему способствовало как влияние феноменологической философии и психологии, так и некоторые привходящие обстоятельства (например, успешная популяризация этого подхода М. Элиаде).
Однако написана книга была в годы Первой мировой войны (вышла в 1917 г.), а подготавливалась примерно с 1911 г., после длительной поездки Отто по странам Северной Африки. Идейный контекст появления книги был совсем иным, чем контекст максимального ее воздействия на умы читателей в первые два десятилетия после Второй мировой войны. В немецкой философии господствовали неокантинаство и «философия жизни»: со всей Европы молодые люди съезжались в Марбург, чтобы пройти выучку у Когена и Наторпа; слово Erlebnis (переживание) из статей Дильтея перешло в повседневную речь; молодежь зачитывалась «Волей к власти», а в умах образованной публики виднейшим и самым читаемым философом был Р. Эйкен, ставший в 1908 г. первым из философов лауреатом Нобелевской премии по литературе, не написав ни одного художественного произведения. Сегодня о его доктрине, сочетающей элементы витализма и спиритуализма, вспоминают разве что потому, что она оказала некоторое воздействие на молодого М. Шелера. Феноменологическое движение только начиналось, и феноменология религии Отто лишь в незначительной степени опирается на труды тогдашних феноменологов (скорее всего, на него оказали некоторое влияние работы Дильтея, а из трудов феноменологов — первые опыты Шелера). Априорные формы он трактует не вполне по-кантиански (возможно влияние Зиммеля). Одним словом, оригинальным философом Отто не был, он был теологом. Сам он писал, что книга «Священное» родилась во время семинаров со студентами-богословами из потребности разъяснить им (и самому себе), что такое грех и вина, каков смысл «искупления грехов» в христианстве. Бог набожного протестанта, по определению, не есть Бог философов, не идея, не абстрактное понятие, вроде Абсолюта.
Не порывает Отто и с «либеральной» теологией. «Нуминозное» или «иррациональное» есть лишь одна составляющая веры. Все истинные религии едины в опыте нуминозного, но различаются они друг от друга по тому, насколько в них разработаны рациональные моменты (каковы моральные понятия, насколько мыслимым является Творец). Скажем, в буддизме отсутствует представление о личностном Боге, а в исламе недостаточно развита этическая составляющая единобожия — в этом они стоят ниже христианства.
Отто был довольно активным религиозным и даже политическим деятелем. В 1913–1918 гг. он был депутатом прусского ландтага, во времена Веймарской республики основал «Союз религиозного человечества», целью которого было содействие распространению права и справедливости в отношениях между народами посредством религии. Он читал курсы лекций в США и Швеции (1924, 1926), продолжал заниматься индийской мистикой, 1927–1928 гг. провел в долгой поездке по странам Азии. В отличие от большинства немецких протестантов, к попыткам нацистов создать «арийское христианство» он относился отрицательно и принадлежал к меньшинству (bekennende Kirche), считавшему христианство несовместимым с расовой доктриной. В октябре 1936 г. он упал с башни в Марбурге и получил тяжелые травмы; 7 марта 1937 г. Рудольф Отто умер от воспаления легких.